Sir Joseph John Thomson (bilinen adıyla J. J. Thomson) (d. 18 Aralık 1856 – ö. 30 Ağustos 1940). İngiliz fizikçi. Elektronu, izotopları ve kütle spektrometresini keşfetmiştir.
Joseph John Thomson İskoç bir aileden, 1856'da Cheetham Hill, Manchester'da dünyaya geldi. Owens Koleji'nde mühendislik okumaya başladıktan bir süre sonra Trinity Koleji, Cambridge'e geçti. 1880'de matematik derecelerini aldı. 1884'te Cavendish'te fizik profesörlüğü ünvanını aldı. Öğrencilerinden biri daha sonra koltuğuna oturacak olan Ernest Rutherford'du. 1890'da Cambridge'de fizik alanında regius profesörü olan Sir George Edward Paget'nin kızı Rose Elisabeth Paget ile evlendi. Rose'dan, George Page Thomson adında bir oğlu ve Joan Page Thomson adında bir kızı oldu. Oğlu daha sonra elektronun dalga benzeri özelliklerini keşfederek Nobel Ödülü alarak ünlü bir fizikçi oldu.

Thomson'ın ikinci deneyi

1906'da elektronu bulduğu için Nobel Fizik Ödülü'nü aldı. 1908'de şövalye ünvanı aldı ve 1912'de Order of Merit'e davet edildi. 1914te Oxford Üniversitesi'nde "atom kuramı" üzerine bir ders verdi. 1940'ta vefat etti ve Westminster Abbey'de Isaac Newton'a yakın bir yere gömüldü.
Thomson Atom Modeli: Üzümlü kek modeli olarak da bilinir. Thomson ; Atomun Proton adı verilen artı yüklü maddeden oluştuğunu ve elektronların bu artı madde içinde (hareketsiz olarak) gömülü olduklarını ileri sürmüştür.