Endonezya’nın tarihi hakkında bilinen en eski bilgiler, 4-5 bin yıl kadar önce, Malaysia’dan halkın gelip yerleştikleri hakkındadır. Eski çağlardan beri ülkenin üzerinde bulunduğu adaların deniz ticaretinde ehemmiyeti çok büyük olmuştur. Bu sebepten, halk genellikle denizci veya tüccardı. Tarih çağlarında ülke, Çin, Hindistan, İran ve Bizans İmparatorluğunun deniz ticaret yolu idi. Halen bu özelliğini muhafaza etmektedir.

Eski çağlarda ticaret gemileri buraya uğrar, baharat, reçine ve değerli kereste alırlardı. Ticaretteki bu ehemmiyeti sebepiyle, dünyanın çeşitli yerlerinden Endonezya’ya gelip yerleşen insanlar ülkede yeni fikir ve geleneklerin yerleşmesine sebep olmuşlardı. Miladın ilk yıllarına kadar halk aşiretler halinde yaşıyorlardı. Bu zamanda artan Hint tesiri neticesinde halk arasında Allahü tealanın emrettiği hakiki yol olmayan, putperestlik, Budizm ve Hindu dinleri yayıldı.

Endonezya’nın üzerinde bulunduğu adalardan büyük olan beş tanesi, Sumatra, Borneo, Java, Celebes ve Yeni Gine’dir. Yeni Gine Adasının Endonezya’ya âit olan batı kısmına İrian Barat adı verilir. Borneo Adasının Endonezya’ya âit olan kısmına ise Kalımantan adı verilir. Sumatra, Borneo, Java ve Celebes adalarına Büyük Sonda Adaları; Bali, Lombok, Sumba, Sumbawa, Flores, Timor vb. gibi orta büyüklükteki adalara Küçük Sonda Adaları; Buru, Ceram, Halmehera vb. adalara ise Moluk Adaları ismi verilir. Adalar arasında çeşitli iç denizler mevcuttur. İç denizlerle beraber yüzölçümü yaklaşık 5.000.000 km2 olan Endonezya’nın kara parçalarının toplam yüzölçümü ise 1.919.443 km2dir. İç denizleri, Java, Sunda, Banda, Flores, Celebes ve Moluk denizleridir. Adaları birbirinden ayıran deniz ve boğazların önemli özellikleri derin olmalarıdır.

Endonezya'nın başkenti JakartaEndonezya genel yapı îtibâriyle volkanik adalardan müteşekkildir. Çoğu sönmüş vaziyette yaklaşık 150 civarında volkan bulunmaktadır. Ülke Ekvator çizgisi üzerindedir. Büyük adalardan olan Sumatra ülkenin batısında olup, Malakka Boğazı ile Asya kıtasından, kuzey batı, güney doğu doğrultusunda, güney doğuda Sonda Boğazı ile Java Adasından ayrılmıştır. Birmanya’daki sıradağların bir uzantısı Sumatra Adasının batı kıyılarında devam eder. Bu sıradağlar sönmüş ve halen faaliyette bulunan pekçok volkandan müteşekkildir. 3000 m’yi aşan yüksekliklere sâhip bu dağ silsilesinin kuzeyinde geniş ve verimli vâdiler, büyük göller bulunur. Adanın doğu kesimleri, düz ve basık olan ovalıktır. Bataklıklar doğu sahillerinde oldukça geniş yer kaplar. Büyük ırmaklara sâhiptir. Java Adası, Sumatra ile Küçük Sonda adalar dizisinin en batısındaki Bali Adası arasında batı doğu istikametinde yer alır. Yaklaşık 1000 km boyunda ve 200 km eninde olan bu adada ekvatora paralel sıradağlar vardır. Bu sıradağlar, güneye daha yakın olup, üzerinde çok sayıda, bâzıları hâlen tütmekte olan volkanlar mevcuttur. Adanın kuzeyi düz ovalı olmasına rağmen güney kıyıları yüksektir. Güney de deniz dibi fazla kayalık değildir. Bu da gemilerin adanın güney kıyılarına rahatlıkla yaklaşmalarını sağlamaktadır. Bu sebepten limanlar güneyde kuzey kıyılarına nisbeten daha çoktur. Java Adasının doğusunda yer alan orta büyüklükteki adalar topluluğu olan Küçük Sonda Adaları da fizikî yapı îtibâriyle diğer Sumatra ve Java Adalarından pek farklı yapıya sâhip değildir. Topluluğu meydana getiren adaların hepsi volkanik olup, kıyıları düz ovalıktır. İrian Barat denilen Yeni Gine’nin Endonezya’ya âit batı kısımları da fizikî yapı olarak pek fazla değişmez. Bradjamusti Sıradağları, bölgenin ortasında batı doğu doğrultusunda yer alır.
Güney kısmı verimli ovalarla kaplı olan bölgenin kuzeyinde orta kesimlerindekine nazaran daha alçak olan sıradağlar, paralel olarak yer alır. Bu iki dağ silsilesi arada yer alan ova ile birbirinden ayrılır. Her iki sıradağlardan inen çok sayıdaki ırmak tarafından sulanan ova oldukça verimlidir. Yeni Gine Adasının batı kısmı olan bu bölgenin ortasındaki Bradjamusti Sıradağlarında yer alan Carstenz Tepesi 5050 m ile ülkenin de en yüksek noktasıdır. Yeni Gine ve Celebes adaları arasında yer alan pekçok ada ve adacıktan müteşekkil olan Moluk Adaları da dağlıktır.
Kıyıları çok girintili çıkıntılı, aynı oranda kayalık olan adalar gemilerin yanaşmasına müsait olmadığı halde bâzı yerler gemiler için iyi bir barınak vazifesi görmektedirler. Celebes Adası, adanın tam ortasındaki dağların dört farklı yöne açılması ile bir ahtapot görünümü arzetmektedir. Dört yarımadanın arasında kalan üç körfez de derin ve oldukça geniştir. Dağların en yüksek noktası 3840 m ile Latimodjang Tepesidir. Celebes Adası yakınlarında pekçok küçük adacıklar mevcuttur. Endonezya’yı meydana getiren adaların en büyüğü Borneo’dur. Bu ada siyasî bakımdan üç bölgedir. Kuzeyde ve kuzey batıda Malaysia’ya bağlı Sarawak ve Sabah bölgeleri ve bu iki bölge arasında kalan bağımsız Brunei Devleti ile bu bölgelerin dışında kalan, adanın orta ve güney kısmını teşkil eden Endonezya’ya bağlı Kalimantan adı verilen bölgedir. Güney-batı, kuzey doğu istikametinde, Endonezya, Malaysia sınırının bir kısmında dağlar uzanır. Kalan geniş kısımları düz ovalık, kıyı kesimleri ise bataklıktır. Genellikle alçak ve bataklık olan kıyılarında gemilerin yanaşmasına elverişli pekçok körfez vardır.
Önemli akarsuları ülkenin büyük adalarında bulunmaktadır. Sumatra Adasındaki ırmaklar, Musi, Kampar, Rokar ve Hari’dir. İrian Barat bölgesindeki en önemli akarsu ise adanın ortasındaki sıradağlardan çıkıp, kuzeyde Büyük Okyanusa dökülen Mamberamo Irmağıdır. Borneo Adasının Endonezya’ya âit kısmı olan Kalimantan bölgesindeki en önemli akarsuları ise, Kayan, Mahakam, Barito ve Kapuas ırmaklarıdır. Ülkenin en önemli gölleri ise Sumatra Adasının kuzeyinde yer alan Toba Gölü, Celebes Adasındaki Towuti ve Poso gölleri ile Kalimantan bölgesindeki Semajang ve Djempang gölleridir.