Anlaşma ile İran'da yaşayan Ermenilere, Rusya tarafından işgal edilen Türk topraklarına taşınma hakkı da verildiğinden, buralarda bir tek Ermeni nüfusu yok iken, onbinlerce Ermeni Erivan, Karabağ ve Nahçıvan'a göç ederek yerleşmeğe başladı.
Türkmençayı Antlaşmasıyla Kuzey Azerbaycan'ı tamamen işgal eden Ruslar burada kısa bir süre sonra kendi idarelerini oluşturdular. 1828 yılından sonra Rus Çarlarının Güney Kafkasya'ya tayin ettiği umumi valiler özellikle Dağıstan ve Azerbaycan'ın müslüman-Türk halkına karşı tam anlamıyla bir terör havası estirdiler. 1844 yılında Kafkasya'ya Voronsov'un tayin edilmesinden sonra Maverayı Kafkas ahalisi adeta iki sınıfa bölünmüştü. Birinci sınıfı; Rus hükümetinin himayesinde her türlü imkana sahip olan mutlu azınlık hristiyan ahali ve özellikle Ermeniler oluştururken, ikinci sınıfı; Rus askerlerinin ve memurlarının her türlü hakaretine maruz kalan Türk ve müslüman kesim oluşturuyordu. Bu hakaretlere, baskı ve zulme paralel olarak Rus hükümeti uyguladığı iskân siyaseti ile bölgede beşeri şartlar doğrultusunda kendiliğinden oluşan nüfus dengesini de hristiyanlar ve Ermeniler lehine çevirmeye çalışmıştır. İfade etmeye çalıştığımız bu genel gidiş Azerbaycan'ın her tarafında etkili olmuştur. Ancak Rus hükümetinin uyguladığı iskân siyaseti en fazla Karabağ, İrevan (Revan) ve Nahçıvan vilayetlerini etkilemiştir. Bu politikayla Ruslar, Vâhit Azerbaycan'ı tabii, coğrafi ve beşeri şartlar aksine bölmenin alt yapısını oluşturmuşlardır. Rus idaresinin himayesinde İrevan'dan Zengezur'a doğru sun'i olarak yoğunluk kazandıran Ermeniler, nihayet Azerbaycan'la Nahçıvan'ın irtibatını İran sınırına dayanmak suretiyle kesmiştir.
1850'de Nahçıvan ve Erivan (Revan, İrevan) hanlıkları lağvedilerek Nahçıvan, Gümrü, Yeni Beyazıt, Şerur, Dereleyez kazaları ve Ordubad nahiyesi dahil olarak Erivan Gubernatoroğlu (valilik) teşkil olundu. Rus idaresindeki Nahçıvan'da bir takım gelişmeler olmakta beraber bütün Rusya'da geçerli olan aşırı vergi uygulaması ve toprak adaletsizliği gibi huzursuzluklar bu bölge için de geçerli idi.
Çarlığın zulmüne karşı XX. yüzyılın başında Rusya İmaratorluğu'nun değişik bölgelerinde yer yer kendini hissettiren tepkiler ne yazık ki Nahçıvan'da ve diğer Azerbaycan topraklarında sergilenemedi. Çünkü bu bölge Türkleri, Rus idaresince desteklenen ve kışkırtılan Ermenilerle mücadele etmek zorunda kaldılar. Buna rağmen 1905 inkılâbı, Rusya'nın her tarafında olduğu gibi Azerbaycan'da da fevkalâde bir uyanışın başlangıcı oldu. Bu halk hareketi 1917 yılında ihtilâle dönüştü ve Rusya'da Çarizm yıkılarak Bolşevizm hâkim oldu. Rusya'da 1917 Şubat ve Ekim aylarında ortaya çıkan ihtilâller Kafkaslarda da dengelerin değişmesine neden oldu.
Çarlık Rusyasının yıkılması Osmanlı Devleti'nin kaybettiği toprakları yeniden ele geçirmesine vesile olduğu gibi Kafkasya'da da birtakım askerî ve siyasî oluşumlara sebep olmuştu. Bölgedeki çeşitli milletler bağımsızlıklarını elde edebilmek hususunda harekete geçmişlerdi. Ancak Azerbaycan Türkleri, Gürcüler ve Ermeniler bir taraftan siyasî bir oluşum etrafında birleşmeye çalışırken, diğer taraftan Güney Kafkasya'daki mirası paylaşmak hususunda da birbirleri ile kanlı bir mücadeleye başlamışlardı. Sayılara bölgede çok az olmasına rağmen, Rusların desteğini alan ve toprak mirasından aslan payını koparmak isteyen Ermeniler, hiç kuşkusuz bu kanlı mücadelenin baş aktörleri idi. Doğu Anadolu'da olduğu gibi, Sürmeli, Nahçıvan, Erivan, Zengezur ve Karabağ'da yaşayan Türk ahali de Ermeni çeteleri ile başbaşa kalmıştı.


İşte bu anlarda Türk Ordusu'nun Kafkasya'ya doğru hareketi başladı. Türk köy, kasaba ve şehirleri teker teker kurtarılarak 1828 sınır hattı aşıldı. 4 Haziran 1918'de Azerbaycan, Gürcistan ve Ermenistan arasında imzalanan Batum Andlaşması ile Gümrü ve Nahçıvan Osmanlı yönetimine alındı. Böylece 1917 yılının sonlarından itibaren kanlı olaylara sahne olan Nahçıvan bölgesi, tamamen kontrol altına alınarak, Türk ahaliyi yok etmeye çalışan Antranik gibi çeteciler tesirsiz hale getirildi. Böylece bölgede 1918 yılı Kasım ayı başlarına kadar devam edecek olan Osmanlı yönetimi teşkil edildi. Yeni bir idarî sistem oluşturularak, geçmişin kanlı izleri silinmeye çalışılıyordu. Nahçıvan Türk insanı defalarca gelmesi için davet ettiği Türk Ordusu'nu kendi topraklarında görmekten oldukça memnundu. Ancak savaştığı diğer cephelerde neticenin gittikçe aleyhine dönmesi nedeniyle İtilâf Devletleri ile barış yapmak umudu içerisinde olan Osmanlı Hükümeti, Azerbaycan'ı, Dağıstan'ı ve Batum Andlaşması ile elde edilen bölgeleri boşaltmaya karar verdi. Mondoros Mütarekesi'nin imzalanmasını müteakip, bölgeyi tahliye işlemleri hızlandı.
Türk Ordusu'nun çekileceği haberi Aras Vadisi ahalisi üzerinde büyük bir tesir yaratmıştı. Çünkü onlar Türk kuvvetlerinin ayrılışından sonra nispeten devlet haline gelmiş olan ve bölge üzerinde emelleri bulunan Ermenilerle başbaşa kalacaklarını biliyorlardı. Ancak kısa sürede üzerlerindeki korku ve üzüntüyü atan Aras Vadisi Türkleri, Türk askerî makamları önderliğinde teşkilatlanmaya başladı. 18 Kasım 1918'de ismi ve işlevi yönünden Türk tarihi içerisinde çok önemli bir konuma sahip olan Aras Türk Hükümeti kuruldu. Bölgede bilhassa Ermeni tehlikesine karşılık ciddi bir yapılanma hareketi başlatıldı. Fakat Türk Ordusu'nun çekilmesinin ardından başlayan Ermeni hücumları neticesinde Aras Türk Hükûmeti, Kamerli, Uluhanlı ve Iğdır gibi bölgelerini kaybetti. Hükümet üyeleri Nahçıvan'a çekildi. Dehne Boğazı ve Şerur'da Ermenilerle çok kanlı savaşlar yapıldı. Alınan mağlubiyetler sonucu Aras Türk Hükümeti yıkıldı. Yerine ardarda Mayıs ayına kadar mevcudiyetini devam ettirecek üç hükümet kuruldu.
1919 Ocak ayı içerisinde Ermeniler ile yapılan kanlı mücadeleler neticesinde, Büyük Vadi'ye kadar olan bölge yeniden Nahçıvan Türkleri'nin eline geçti. Bölgede toprak bütünlüğünün sağlanmasını müteakip Nahçıvan'da İngiliz Valiliği kuruldu. Başlangıçta ilişkiler çok iyi olmasına rağmen, Ermeni makamlarının (Nahçıvan ve Şerursuz Ermenistan yaşayamaz) yakarışı etkisinde kalan İngiliz Generali Thomson, ahalisi çoğunlukla Türk olan Nahçıvan'ı Ermenistan'a hediye etti. Ahalinin ve Azerbaycan'ın protestoları bir fayda vermiyordu. İngiliz askerlerinin gözetiminde Nahçıvan'da Ermeni hâkimiyeti kuruldu. Müteakiben de İngilizler bölgeyi terkettiler.
Nahçıvan'ın Ermenilere verilmesi ve bu bölgede Türk ahaliye yapılan zulüm kısa zamanda Türk ve Azerbaycan makamlarını harekete geçirdi. Nahçıvan'ın Türkiye ve Türk Dünyası açısından önemini çok iyi bilen Kâzım Karabekir Paşa, Enver Paşa'nın direktifiyle bölge insanının kurtuluş mücadelesine destek olmak için o mıntıkada komutanlık yapmış olan Yüzbaşı Halil Bey'i küçük bir kafile ile Şahtahtı'ya gönderdiği gibi, Azerbaycan da kendi toprağı kabul ettiği Nahçıvan'a askerî ve maddî yardımda bulunuyordu. Nahçıvan ahalisi, cüz'i de olsa aldığı destek ve istiklâl sevdası ile kısa sürede Ermeni hâkimiyetine son verdi. Büyük Vadi'den Ordubad'a kadar olan bölgede yeniden egemenlik tesis edildi.
Halil Bey, Kâzım Karabekir Paşa'nın onayıyla Nahçıvan'ın Azerbaycan'a bağlandığını ilan etti ve Samed Bey, Cemilinski'yi Azerbaycan'ın Nahçıvan valisi olarak atadı. İşte bu dönemden sonra bilhassa Halil Bey'in kontrolünde olan bölgede idarî ve askerî teşkilat yapıldı. Ermenistan Yüksek Komiseri Albay Haskell'in Nahçıvan'da tarafsız bölge Amerikan Valiliği oluşturma çabaları, daha önce İngilizlerin oyununa gelmiş olan bölge insanı bilhassa Halil Bey tarafından engellendi.