Ergenekon, siyasi amaçlarına ulaşmak için yasadışı yollara başvuran aşırı milliyetçi örgüt. Derin devlet veya Türkiye Cumhuriyeti içinde devlet adına hareket ettiğini iddia eden bazı otoriteler tarafından kurulduğu ve yönetildiği öne sürülmektedir.

Örgütün tarihçesi
Avrupa'da II. Dünya Savaşı'ndan sonra muhaliflerin (o dönem komünistlerin) iktidara gelmesini önlemek için kurulan "Gladio" adlı kontrgerilla örgütünün Türkiye'deki uzantısına siyasi literatürde Kontrgerilla denilmektedir

NATO'nun Özel Harp talimnamelerine göre, üye ülkelerde kurulan NATO birimleri Türkiye'de önce Seferberlik Tedkik Kurulu adıyla örgütlenmiş sonra doğrudan Genelkurmay Başkanlığı'na bağlı Özel Harp Dairesi çatısı altında ve bunun sivil uzantısı olarak faaliyet yürütmüştürDanıştay'a yönelik saldırı sonrasında çıkan ilişkiler ağıyla gündeme gelen "devlet yanlısı çete" yapılanmasının, uzun süredir Türkiye'de faaliyet gösterdiği ve devleti korumak amacıyla siyasi suikasttan naylon terör örgütü kurmaya" kadar birçok illegal eylemi onayladığı ortaya çıkmıştır.
Deniz Kuvvetlerinden ayrılma araştırmacı-yazar Erol Mütercimler, ilk kez 1980'de örgütün varlığından haberdar olduğunu dile getirmiştir.

Örgütlenme yapısı
12 Kasım 1996 tarihinde Anavatan Partisi Genel Baskani Mesut Yılmaz'ın Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel'e verdigi, Cumhurbaşkanı tarafından da gereğinin tetkik ve tahkiki için Başbakan Necmettin Erbakan'a verilen mektupta;

``Emniyet Genel Müdürlüğü bünyesinde Özel Harekat Dairesinin bulunduğu alınan duyumlara göre bu dairenin bazı elemanlarının uyuşturucu, kumarhane, haraç ve adam öldürülmesi gibi işlere karıştığı, son olay da bunun vehim olmadığını sanıldığından da kötü oldugunu gösterdiğini, Ömer Lütfi Topal'ı öldürenlerin itiraflarinin fevkalade enteresan oldugunu, bu kişiler suçu itiraf ettikleri halde Ankara'ya celb edilerek hâlen serbest gezdiklerini, İstanbul Emniyet Müdürlüğünde her türlü dökümanın hazır olduğunu, aşiret reisinin Devleti kullandığını, Devlette görevli bazı kişilerin Özel Harekat Dairesi Baskanı İbrahim Şahin'den talimat aldıkları ve bunun İçisleri Bakanı dahil bir takım yüksek yerlerin bilgisi dahilinde olduğunu, Devletin emrinde çalışan ve suça karışan 100-120 kadar kişi olduğunu, bu işin Devlet çapında soruşturulması gerektiğini, bu işe seyirci kalınır ise Demokrasinin işleyebileceğinden şüphe duyulacağını, bunların meydana çıkarılması hâlinde de Devletin zarar göreceğinden endişe ettiğini, normal Devlet mekanizmasına güvenin olmadığını, Devlet Denetleme Kurulu'nun böyle bir şeyi üstlenebileceğini... iddia etmiştir.

İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek Susurluk Komisyonuna gönderdiği 9 Aralık 1996 tarihli yazısının ekindeki (4) sahifelik Genel Çerçeve başlıklı yazısı, TBMM Başkanlığına yazılmış (15) sahifelik Mehmet Ağar ve Tansu Çiller hakkında suç duyurusu olduğunu iddia ettiği dilekçesi ve diğer eklerden olusan toplam 183 sayfalık metin, 2 adet fotoğraf ve 40 sahifelik gazete küpürlerinin ve 26 Aralık 1996 tarihinde Komisyona sunduğu dilekçesi ve eklerinin incelenmesinde;

DYP Genel Başkanı, İstanbul Milletvekili Tansu Çiller'in başta MİT, Emniyet, Jitem, Özel Kuvvetler Komutanlığı gibi devlet kurumlarının görevlileri olmak üzere mafya diye nitelenen bazı suç örgütlerinde yer almış kişilerden oluşan özel bir suç örgütünün kurulmasını azmettirdiği, bu örgütü eline geçirdigi, devlet olanakları ile beslediği, himaye edip, yönlendirdiği, bu örgütün ABD'nin CIA ve İsrail'in MOSSAD İstihbarat Örgütleriyle bağlantılı olduğu ve örgütün mensupları arasında Özel Büro diye anıldığı, Çillerin Özel Örgütü nün hâlen bir tanıtım ajansi biçiminde faaliyet yürüttüğü; çok geniş bir coğrafyayı hedef aldığı; İstanbul, Ankara, İzmir, Washington ve Tel Aviv'de büroları olduğu, Türk Silâhlı Kuvvetleri, Ülkücü Mafya, Emniyet Teşkilatı, Uyuşturucu silâh ve nükleer madde mafyası ve MİT içerisinde uzantıları olduğu ve toplam (700) kişiden oluştuğunu, başında (özellikle kendisinin yayınladığı Aydınlık isimli dergi) yer alan haber ve yorumlara dayandırarak iddia etmektedir. Bu iddiaya göre; örgütün lider kadrosu DYP Genel Başkanı ve İstanbul Milletvekili Tansu Çiller ve eşi Özer Çiller, Elazığ Milletvekili Mehmet Ağar, MİT Müsteşar Yardımcısı ve Kontr-Terör Daire Başkanı Mehmet Eymür, Emniyet Genel Müdürlüğü Müşaviri Emekli Yarbay Korkut Eken, Özel Harekât Dairesi Başkanı İbrahim Şahin, Ülkücü Mafya Şeflerinden Abdullah Çatlı ve Alaattin Çakıcı'dan meydana geldiği ileri sürülmektedir.

İddiaya göre; örgütün Emniyet içindeki uzantısının başında Mehmet Ağar yer almakta, örgütü onun müşaviri olan Korkut Eken ``sevk ve idare etmektedir. Yine iddiaya göre;

Örgütün MİT içindeki uzantısının başında ise; Kontr Terör Daire Başkanı Mehmet Eymür ve Tolga Atik yer almaktadır

İşçi Partisi Genel Sekreteri Vekili Av. Mehmet Cengiz Sabah Gazetesi'nin İşçi Partisi ile Ergenekon arasında asılsız bağlar kuduğu gerekçesiyle suç duyurusunda bulundu.

Örgütün diğer bağlantıları
Örgüt karargahının ve kasasının Türk Ortodoks Patrikhanesi olduğu iddia edilmiştir.
Operasyonlarda gözaltına alınanlar
* Muzaffer Tekin
* Veli Küçük, Em. Tuğgeneral
* Ergün Poyraz, Araştırmacı yazar
* Oktay Yıldırım
* Ümit Oğuztan
* Bekir Öztürk
* Zekeriya Öztürk
* Taner Ünal
* Kemal Kerinçsiz, Avukat
* Fuat Turgut
* Sevgi Erenerol, Türk Ortodoks Kilisesi sözcüsü
* Fikri Karadağ
* Hüseyin Görüm
* Alparslan Arslan
* Fikret Emek
* Semih Günaltay
* Sedat Peker
* Güler Kömürcü, Gazeteci yazar
* Sami Hoştan
* Ali Yasak
* Doğu Perinçek, Hukuk Doktoru, İşçi Partisi Gn. Bşk.
* [Adnan Akfırat , Gazeteci Yazar araştırmacı]
* İlhan Selçuk, Gazeteci yazar
* Serhan Bolluk Aydınlık Dergisi Genel Yayın Yönetmeni
* Ferit İlsever Ulusal Kanal Genel Yayın Yönetmeni
* Prof. Dr. Kemal Alemdaroğlu
* Emin Gürses, Öğretim görevlisi Doç. Dr.
* Vedat Yenerer, Gazeteci yazar
* Nusret Senem, Ankara Barosu Avukatı, İşçi Partisi Gn. Bşk. Yrd.