Beyin kabaca üç bölüme ayrılır. Ark (yamuk) beyin, orta beyin ve ön beyin. Arka beyin, beyin sapı ve beyincik olarak ikiye ayrılır. Ön beyin ise ara beyin ,talamus ve hipotalamus olarak üçe ayrılır. Beynin yapısıyla ilgili olarak anlattıklarımızı aşağıdaki gibi sıralarsak anlaşılmaları daha da kolaylaşacaktır.

I ARKA BEYİN
A Beyin Sapı
B Soğanilik
C Köprü

II ORTA BEYİN

III ÖN BEYİN
a) Arabeyin
b) Talamus
c) Hipotalamus

Beyinin en büyük ve en önemli kısmı asıl beyindir. Fakat beyini incelemeye, beyin sapının omurilikte birleştiği, arka beyinin en alt kısmından başlayacağız. Bir beyin fotoğrafına bakıldığında, beyin sapı, beynin hafifçe kalınlaşmış bir devamı gibi görülür. Merkezi sinir sisteminin işleyişinde beynin diğer kısımları gibi beyin sapının da kendine özgü görevleri vardır. Beyin sapı ve köprü işbirliği yaparak kalp atışları, kan basıncı ve nefes alma gibi yaşamsal önemi çok büyük olan vücut faaliyetlerini kontrol ederler.

Beyincik beyin sapının tam arkasında kafatasının dibindedir. İçinde hareketlerimizi kontrol eden çok sayıda sinir elyafı bulunur. Beyincik, hareketlerin başlatılmasını değil, çeşitli kas hareketlerinin uyumlu bir şekilde yapılmasını sağlar. Ayrıca beyincik, iç kulakta bulunan ve vücut dengesini koruyarak devrilmemizi önleyen bir mekanizmadan gelen sinir elyaflarının son durağıdır. Arka beynin beyin sapının üstüne doğru genişleyen kısmına ‘‘köprü’’ adını ilk olarak veren, rönesans devrinin cerreh ve anatomistlerinden Costanzo Varoli’dir. Yüz kasları, çiğneme kasları ve dudak kaslarıyla yüz ve göz ifadelerini kontrol eden önemli kafa sinirleri buradadır.

ARA BEYİN:
Beyin sapının üst kısmında, ara beyin denen bölge yer alır. Ara beyin, bildiğimiz o kıvrıntılı beyin yarım kürelerinin iç kısmını dolduran bir çok farklı bölgenin oluşturduğu bir yapılar topluluğudur. Bu bölgeler, öğrenme, hafıza, açlık-susuzluk, vücudun iç dengesinin korunması, vücuttaki hormon sistemlerinin kontrolü, heyecanlar, duygusal tepkiler, duygulara göre vücudun iç ortamının düzenlenmesi gibi çok önemli fonksiyonlar yürütürler. Bu ara beyin bölgelerinin çoğu, az önce bahsettiğimiz, sıvı dolu beyin içi boşluklarının (ventriküllerin) etrafını sarmış vaziyette bulunur

LİMBİK SİSTEM
"Kabuk altı" (subcortical), ara beynin etrafında onu bir halka gibi saran, işlevsel bir birliktelik oluşturmuşlardır. Bu yapıya, özel olarak Limbik sistem (latince: limbus= halka, sınır) adı verilir. İşte bu limbik sistem içinde yer alan hippokampus, amigdala, forniks, mamillar cisim, septum, cingulat kabuk gibi yapılar, heyecansal ve temel zihni fonksiyonları yürütürler. Örneğin sinirlenince kontrolümüzü kaybetmemize sebep olan yapılardan en önemlisi, burada bulunan amigdallerdir; veya, öğrendiğimiz herhangi bir şeyi hafızaya almamızı, buranın bir üyesi olan hippokampus sağlar. Ara beyinde ayrıca, vücuda giden emirlerin düzenlenmesinin yapıldığı ara merkezler de bulunur.