Prokaryot hücreler ve memeli alyuvarları hariç bütün Ökaryot hücrelerde bulunur. Bir çok hücrede bir tanedir. Çizgili kas hücrelerinde birden fazla bulunabilmektedir.
Çekirdeğin kısımları:
a. Çekirdek zarı: Çekirdeğin etrafını saran ve E.R.’nin devamı olan çift katlı bir yapıdır. Dış zar üzerinde ribozom organeli bulunabilir. Hücre bölüneceği zaman kaybolur. Hücre zarı özelliğindedir. Üzerindeki porlardan makro moleküller geçebilir. Çift katlı zara sahiptir. Kalıtım materyalinin sitoplazmaya dağılarak bozulmasını önler.
b. Çekirdekçik: Ribozomun üretildiği yerdir. Yapısında bol miktarda RNA ve protein bulunur. Hücre bölünürken kaybolur, sonra yeniden oluşur. Bazı hücrelerde 2 tane bulunabilir.
c. Çekirdek özsuyu: Sitoplazma sıvısıyla aynı özelliktedir. Su, nükleotid, RNA, ATP, mineral ve enzim taşır. Sitoplâzmaya göre akışkanlığı azdır.
d. Kromatin iplikler: Çekirdeğin en önemli kısımlarındandır. Hücre bölüneceği zaman kısalıp kalınlaşarak kromozomları oluştururlar. Her canlı türünün kendine ait kromozom sayısı vardır. Örneğin, insanlarda 46 kromozom bulunur. Kromozom sayısı aynı olan canlılar aynı türden olmayabilir. Önemli olan, canlıların gen yapılarının benzerliğidir. Kromozom sayısı canlının gelişmişliği ile ilgili değildir. Kromozomlar; DNA ve proteinden oluşur.
Eşlenmiş kromatidleri bir arada tutan bağlantı noktasına sentromer denir. Kromozomlar hücre bölünmesinde iğ ipliklerine bu kısımdan bağlanır. Eşeyli üreyen canlılarda kromozomlar çiftler halinde bulunur. Bunlara homolog kromozom çifti denir. Homolog kromozomların karşılıklı bölgeleri aynı karakter üzerinde etkilidir. Bu canlılara diploid (2n) canlı denir. Kromozomlar tek tek bulunuyorsa bu canlılara haploid (n) canlı denir.
Çekirdeğin görevleri;
1. Hücre bölünmesini kontrol eder. Bu sayede kalıtsal karakterleri yeni hücrelere aktarır.
2. Protein sentezi yaptırarak hücre metabolizmasını kontrol eder.
Çekirdeğin görevleriyle ilgili bazı deneyler;
Amip deneyi; Çekirdeğin yöneticiliği
Acetabularia deneyi; Çekirdeğin kalıtsallığı
Acetabularia, tek hücreli makroskobik su yosunudur.