osmanlı devleti, donanma ile ilk kez orhan bey döneminde karesioğulları'nın alınması ile tanıştı. bu dönemde karamürsel'de pek de etkili olmayan bir tersane kurulmuştur.
asıl etki, kanuni döneminde osmanlı'ya katlan barbaros ile turgut reis'in fetihleri ve çalışmalarıdır. akdeniz'de birçok yer ele geçirildi (rodos), bazı yerler kuşatılmasına rağmen alınamadı. (1565 malta) ayrıca preveze deniz savaşı ile osmanlı akdeniz'deki üstünlüğü tamamen kendine çekti. bunun yanı sıra cerbe deniz savaşı ile haçlılar bir kez daha yenilgiye uğratıldı. ayrıca hint deniz seferi yapıldıysa da, istenen başarı elde edilemedi.
sokullu mehmet paşa döneminde kıbrıs alındı ve akdeniz'e ulaşan ticaret yollarının güvenliği sağlandı. kıbrıs'ın kaybedilmesi üzerine bir haçlı donanması oluşturuldu ve osmanlı donanması inebahtı savaşı'nda büyük bir yenilgiye uğradı.

osmanlı donanması toplamda dört kez yakılmıştır:
1571 inebahtı faciası,
1770 çeşme faciası,
1827 navarin faciası,
1853 sinop faciası,

özetle, en parka dönemlerini 16. yüzyılda yaşadı. 16. yüzyılda yaşanan inebahtı savaşı'nda büyük bir kayıp yaşansa da, donanma 12 ay gibi sürede tekrar toparlandı. ancak 16. yüzyıldan sonra 16. yüzyıldaki üstünlüğü asla ele geçiremedi. bunda avrupalı devletlerin gelişmeleri, osmanlı'nın deniz gücüne eski önemi vermemesi, daha çok karada savaşabilmesi gibi etkenler vardır. kimi dönemler tekrar güçlense de, avrupalı denizci devletler karşısında istenen başarı elde edilemedi.