Genel fotosentez denklemi şöyledir:
nCO2 + 2nH2O + Işık enerjisi → (CH2O)n + nO2 + nH2O Ancak heksoz şekerleri ve nişasta ana ürünler olduğundan, genelde aşağıdaki spesifik (basit) denklem fotosentezin ifadesinde kullanılır:
6CO2 + 12H2O + Işık enerjisi → C6H12O6 + 6O2 + 6H2O + 673 Kalori
Burada C, CO2'den ve H, H2O'dan gelmektedir. Yukarıdaki denklemde görüldüğü üzere basit karbonhidratların yapısına katılan O2'nin sudan mı yoksa karbondioksitten mi geldiği sorusu önem taşımaktadır. Bu konuya radyoaktif ağır su ile yapılan denemelerle açıklık getirmiştir. Radyoaktif olarak işaretlenmiş 0218 ile fotosentez sonucu açığa çıkan O2'nin sudan geldiği bulunmuştur. Karbonhidratların yapısına katılan O ise, karbondioksitten olmaktadır.Fotosentez sırasıyla aydınlık ve karanlık safha olmak üzere 2 kısımda gerçekleşir.Aydınlık safha için ışık gereklidir.Karanlık safhada ise ışık kullanılmaz.Fakat karanlık safhada aydınlık safhanın ürünleri kullanıldığı için aydınlık safha olmadan karanlık safha gerçekleşemez.Ayrıca bakterilerde H kaynağı olarak H2O kullanılmadığı için ürün olarak O2 açığa çıkmaz.