osmanlı devleti, donanma ile ilk kez orhan bey döneminde karesioğulları'nın alınması ile tanıştı. bu dönemde karamürsel'de pek de etkili olmayan bir tersane kurulmuştur.
asıl etki, kanuni döneminde osmanlı'ya katlan barbaros ile turgut reis'in fetihleri ve çalışmalarıdır. akdeniz'de birçok yer ele geçirildi (rodos), bazı yerler kuşatılmasına rağmen alınamadı. (1565 malta) ayrıca preveze deniz savaşı ile osmanlı akdeniz'deki üstünlüğü tamamen kendine çekti. bunun yanı sıra cerbe deniz savaşı ile haçlılar bir kez daha yenilgiye uğratıldı. ayrıca hint deniz seferi yapıldıysa da, istenen başarı elde edilemedi.
sokullu mehmet paşa döneminde kıbrıs alındı ve akdeniz'e ulaşan ticaret yollarının güvenliği sağlandı. kıbrıs'ın kaybedilmesi üzerine bir haçlı donanması oluşturuldu ve osmanlı donanması inebahtı savaşı'nda büyük bir yenilgiye uğradı.