Bitki kökleri canlıyken topraktaki çözünebilen besinleri alarak bir denge sağladıkları gibi besin maddelerinin yararlı hale geçmesine doğrudan etki ederken diğer taraftan toprak mikroorganizmaları için ölü doku sağlar. Alglerin büyük çoğunluğu klorofil içerir ve toprak yüzeyine yakın olarak, bazıları ise daha derinde bulunabilir. Mantarlar toprakta organik maddenin ayrışmasında büyük bir rol oynar. Aktinomisetler organik artıkların çözülmesinde ve besin maddelerinin serbest kalmasını sağlar. Ototrof bakteriler enerjilerini amonyum, kükürt ve demir gibi mineral maddelerini oksitleyerek temin eder ve sayıca az olmalarına karşın nitrifikasyon ve kükürt oksidasyonu üzerinde etkili olduklarından yüksek bitkiler için büyük bir öneme sahiptirler. Toprakta bulunan bakterilerin çoğunu ise heterotrof bakteriler oluşturur ve bunlar gerekli enerjiyi doğrudan doğruya toprağın organik materyalinden sağlarlar. Toprağın mikrofaunasını Nematod, Protozoa ve Rotiferler oluşturur ve bunların bir bölümü çürüyen organik materyal üzerinde, bir bölümü ise yüksek bitkilerin köklerinde parazit olarak yaşarlar. Toprağın makrofaunasının esasını eklembacaklılar, kurtlar, salyangozlar ve bazı memeliler (kemiriciler) oluşturur.

3. Biyotik Faktörler

Canlı çevreyi oluşturan bitki, hayvan, mikroorganizma ve insanlar biyotik faktör olarak tanımlanır. Herhangi bir yaşam mekanında biyotik çevreyi oluşturan canlı varlıklar yapı, işlev ve fizyolojik özellikleri bakımından çeşitlilik arzeder. Canlılar arasındaki özellikle beslenme ile ilgili farklılıklar, ekosistem ve ekosistemdeki süreçler açısından önemlidir. Çünkü besin; üreme, yaşam süresi, gelişme hızı ve ölüm gibi canlıların temel yaşamsal süreçleri üzerinde büyük etkiye sahiptir.

3.1. Besin ve Beslenme

Besin canlıların enerji kaynağını oluşturur ve besinler bitkisel, hayvansal veya ayrışmış organik maddeler şeklinde olabilir. Canlılar alemi beslenme şekillerine göre ototrof (kendi besinlerini kendileri sentezler) ve heteretrof (besinlerini hazır alır) olmak üzere iki büyük gruba ayrılır. Ototrof organizmalar organik maddeyi kendisi oluşturur. Heteretrof organizmalar ototrof organizmaları ve çürüyen maddeleri besin olarak kullanırlar. Hayvan ve mantarların tümü ile birçok bakteri bu gruba girer. Heteretrof organizmalarda beslenme özellikleri yönünden holozoik (besinlerini katı parçacıklar halinde alır), saprofitik (besinleri doğrudan hücre zarları ile absorbe ederler) ve parazitik (besini konukçudan hazır alır) olmak üzere üç alt grupta incelenir. Holozoik olarak beslenen hayvanlar aldıkları besinin yapısına göre herbivor (sadece bitkilerle beslenen), karnivor (sadece etle beslenen) ve omnivor (hem bitki hemde hayvanla beslenen) olmak üzere üç alt gruba ayrılır. Ancak hayvan türlerinde yıllık beslenme rejimi sabit olmayıp mevsimlere, bölgelere, gelişim evrelerine, ortama ve sekse bağlı olarak değişimler gösterebilir.

3.2. Biyolojik İlişkiler