Medreselerin kuruluşu X. yy. a dayanmakla birlikte, ileri seviyede ve teşkilâtlanmış ilk büyük medrese, İran’ın Nişapur şehrinde Büyük Selçuklu Sultanı Tuğrul Bey (1038-1063) tarafından açılmıştır. Fakat medreselerin İslâm dünyasının dört bir yanına yayılması ve öğretiminin devlet himayesine alınarak resmîleşmesi Alp Arslan Dönemi’nde (1063-1072) olmuştur. Vezir Nizamülmülk’ün kurduğu Nizâmîye Medresesi 1066’da Bağdat’ta açılmıştır; kimi araştırmacı dünyanın ilk üniversitesi sayar. Medreseler, çoğunlukla, mescit, hamam, yatakhâne, kütüphâne, ve imârethâne (aş evi) gibi yapılar topluluğunu içerisine alan bir külliye şeklinde inşa edilmiştir.