Pers ve Sasani İmparatorlukları
Buhara M.Ö. 500 yılında Pers imparatorluğuna vassal devlet olarak bağlanmıştır. Bundan bir süre sonra Büyük İskender'in ve daha sonra da Hellenistik Selevkos, Greko-Baktria, Kuşan imparatorluklarının egemenliklerine geçer. Bu dönem boyunca Buhara Anahita kültünün ve bu külte bağlı ekonominin merkezi olarak işlemiştir. Zervaşan deltasında yaşayan halklar yılda (ay takvimine göre) bir kez ellerindeki eski tanrıça idollerini yenisiyle değitiştirmek üzere bir araya geliyordu. Bu amaçla Mokh tapınağının önünde düzenlenen festival, toprağın verimliliği için de büyük önem taşımaktaydı. Bu tür ticari festivaller sayesinde Buhara bir ticaret merkezi haline gelmiştir. Çin'in Han Hanedanı İpek yolunun güvenliğini sağlamak amacıyla kuzeyden gelen göçebe boyları geri püskürtünce, çoktan refaha kavuşmuş olan Buhara kervanlar için bir uğrak haline geldi. Kuşan İmparatorluğunun yıkılmasının ardından Moğolistan'dan gelen Hun boylarının eline geçen Buhara hızlı bir düşüş yaşamıştır.

Sasani İmparatorluğu döneminde Arap işgaline kadar, Buhara Manicilik ve Nasturi Hıristiyanlık için önemli bir merkez olmuştur. İslam ordusu 650 yılında Buhara'yı ele geçirdikten sonra Buhara çok dinli özelliğini yüzyıl kadar devam ettirmiştir.Bunun nedeni büyük ölçüde Çin'in Tang Hanedanı'na karşı Soğdların Arapları desteklemeleri; ve Arap egemenliğinin çok sağlam olmaması sayılabilir. Ancak 751 Talas savaşının ardından Araplar bölgedeki egemenliklerini güçlendirmiş, İslam dini bölgede yayılmaya başlamıştır. şebinkarahisar muhara köyüne göç vermiştir oradaki insanlar zaman içinde oranın yerlisi olup müslümanlığı yaymışlardır.

Buhara surları

İslam Dönemi
Şehir gerçekten söylence bir varlığa, zenginliğe, o Kızıl Kum Çölünde bir vaha kenarında ve İpek yolu güney güzergahı üzerinde önemli alanda olmasına borçludur. 9. yüzyılın ortasından 10. yüzyılın sonuna kadar Buhara Samanîlerin başkenti (Milâdi 819-1005), Samanîlerin yıkılmasından sonra Karahanlıların yönetimi altına girdi (Milâdi 999 - 1141), daha sonra Kara Hıtay'ların eline geçti, fakat siyasi önemini kaybetti. Karahanlılar zamanında şehir kültürel altın çağını yaşamıştır, bunlardan Büyük Minare (kitabesinde 1127 yapım tarihi yazılı), ve Maġâk-i Aṭṭârî Cami'si sayılır.

İbn Havkal, Sughd nehrinin sol yakasından alınan, Bukhara şehrinin civarındaki ovanın ve bahçelerin ana kanallar sulama sistemi ile sulandığını detaylı olarak anlatır.. Ayrıca Buhara'dan şöyle anlatır; "Buhara'da konuşulan dil Soğdça (lisan al-Sughd), birazcık farklı, ama diğer insanlar Dari'ce (la-hum lisan bi 'l-dariye; Farsî lehçe) konuşurlar."

Kaşgarlı Mahmud, Divân-ı Lügati't-Türk'te;

1220 yılında şehir, Cengiz Han'nın oğlu Çağatay komutasındaki bir ordu ile, Otrar'rı zaptetti ve yağmaladı, bu sırada Cengiz Han'nın kendi komutasındaki ordu ile, Buhara'yı tamamen yaktı. 30,000 kişiyi katledildi ve binlerce kadın tecavüze uğradı..

Elli yıl sonra, şehir normale dönmeye başladığı sırada, Moğollar bu kez İlhanlı hakanı Abaka'nın önderliğinde tekrar saldırır. Abaka, 1265 yılı içinde ölen Hülagû'nun yerine geçmiş ve Hristiyanlığı kabul edeceği sözünü vermiştir. Kudüs'ün Patriki 1267 yılının Mayıs ayında, tekrar Sultan I. Baybars'ın Haçlılara Akkâ düzlüğünde saldırısı sonucunda Johann von Brienne'nin öldüğünü yazar, ondan nerede ve nasıl yapabileceği dair yardım rica eder..

Papa VI. Clement, Hıristiyanlığı kabul ettiğini zanettiği "Tatar prensi" Abaka'yı kutlamak için bir mektup yazarak Memlukler'e karşı yardımını ister. Böylelikle Haçlılarla kader birliği yapan Abaka'nın bir hedefi de Buhara'dır. Komutanı Nikpai Bahâdur 28 Ocak 1273'de kente girdikten sonra şehir yedi gün yağmalanır, neredeyse tüm nüfusu katledilir. Bu yıkımdan sonra Buhara uzun süre kendini toparlayamayacaktır. Moğol istilası öncesi dönemde Buhara İslam uygarlığını derinden etkileyecek iki büyük isim yetiştirmiştir: İbni Sina ve İmam el-Buhari.

Çarlık Rusyası ve Devrim
19. yüzyıldan itibaren Rusya bölgede etkisini arttırmaya başlar, ancak Buhara'yı işgal etmez. Bu dönemde Buhara Emirliği, Büyük Oyun adı verilen İngiltere ve Rusya arasında Orta Asya'nın kontrolü için yaşanan çekişmede bir satranç taşıdır. Emirlik Ekim Devrimine kadar yarı bağımsız olarak varlığını sürdürür; 1920'de Buhara Sovyeti kurulur; 1925'te ise Stalin'in emriyle kurulan Özbekistan Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti'ne bağlanır.

Ulaşım
Buhara Uluslararası Havaalanına iç hat ve uluslararası uçuşlar bulunmaktadır.

Nüfus
Buhara, Semerkant ile birlikte Özbekistan'da yoğun Tacik azınlık barındıran iki merkezden biridir. Eski Roma döneminden itibaren bölgeye Yahudiler de yerleşmiştir. Ancak Buharalı Yahudilerin çoğu 1925-2000 döneminde kenti terk etmiştir.

Kardeş Şehirler