I. Alaeddin Keykubad bu zaferden sonra devletin sınırlarını Tiflis’e kadar genişletti. Ahlat, Bitlis, Van, Adilcevaz, Malazgirt gibi şehirleri ele geçirdi. Ancak bu başarı aradaki Harzemşahları ortadan kaldırarak Selçukluları Moğollarla karşı karşıya getirdi. Çormakan Noyan kumandasındaki Moğollar Anadolu'ya girerek saldırılara başladılar. Nihayet 1243 yılındaki Kösedağ Savaşı'nda Selçukluları ağır bir yenilgiye uğratarak Anadolu'yu istila ettiler.
Harzemşahlar'ın yenilmesinin bazı sebepleri kaynaklarda şöyle belirtilmektedir:

Türk ve Müslüman ordusu olan Harzemşahlar'ın bir başka Türk ve Müslüman ordusu olan Selçuklular'la savaşmak istememesi.
Yıllardır Moğollar'la savaştığı için yorgun olan Harzemşah ordusunun daha dinç olan Selçuklu ordusu karşısındaki güçsüzlüğü.
Moğollardan kaçan halkın ve Harzem soylularının amacı Anadolu’ya sığınmaktı. Kaynaklarda eğer arasında barış sağlansaydı Moğol istilasına karşı güçlü bir Türk/İslam Dünyası doğabileceği yorumu da yapılmaktadır.