İnsanlık, dünyadaki enerji kaynaklarını sonuna kadar tükettikten sonra kendine yeni bir gezegen ve yeni güç kaynakları aramaya başlar ve Sera adlı gezegende aradığını bulur. Fakat bu kaynakların zaten sahibi vardır ve bunlar paylaşmayı sevmeyen yaratıklardır. Yaratıkların başı, oyundaki baş düşmanımız olacak olan Locust Horde dur.

İşler iyice çıkmaza girince ve yapılacak bir şey kalmayınca eski bir asker olan Marcus Fenix (oyundaki yöneticeğimiz karakter) göreve çağırılır ve düşmanların kökünün kazınması istenir.