Peptit Bağı
MsXLabs.org
Amino asitler peptit bağı aracılığıyla birbirlerine bağlanarak peptitleri (oradan da polipeptitleri ve proteinleri) oluştururlar. Daha önce de bahsettiğimiz gibi amino asitlerin α karbonuna hem amino hem de karboksilik asit grupları bağlıdır ve peptit bağı bir amino asidin amino grubuyla diğerinin karboksilik asit grubunun bir kondenzasyon -su çekilme- tepkimesiyle birbirine bağlanmasıdır. Ki bu da aslında bir amid bağından başka bir şey değildir.
Peptit bağı azotun sahip olduğu elektron çifti aracılığıyla yazılan rezonans yapılarından dolayı çift bağ karakterine sahiptir; öyle ki buradaki C-N bağı normal amin C-N bağından % 10 daha kısadır ve yaklaşık % 40 çift bağ karakteri taşır. Bu da, bu C-N bağının kendi ekseni etrafında dönebilmesini büyük ölçüde engeller ve peptit bağındaki C,O,N ve H atomlarının aynı düzlemde bulunmasını sağlar.
Bu arada α karbonunun azotla ve karboksilik asit karbonuyla yaptığı bağlar kendi eksenleri etrafında dönebilir ve bununla ilgili psi ve fi açıları tanımlanmıştır. Peptit bağıyle oluşan molekülün enerjisi bu açılara bağlı olarak değişir ve enerjinin bu psi ve fi açılarına karşı çizilen diagrama Ramachandran Diagramı denir.
