Marmara Bölgesi'nde Yıldız dağları, Biga dağları, Kapıdağ, Uludağ, Samanlı dağları, Domaniç Dağı, Koru Dağları, Işıklar dağı, Armutçuk dağı, Kazdağı, Elmacık dağ'ları bulunmaktadır. Bunların en büyüğü Bursa'daki Uludağ'dır. Yüksekliği 2543 metredir. Ayrıca bölgedeki Edirne ilinde herhangi bir dağ bulunmamaktadır.
Bölge genelinde, küçük ölçekli olmalarına rağmen sık bir akarsu ağı vardır. Sakarya, Ergene, Susurluk, Meriç ve Biga Çayı bölgedeki başlıca akarsulardır. Bölge'de irili ufaklı birçok doğal ve yapay göl bulunur. Büyükçekmece Gölü, Küçükçekmece Gölü, Durusu Gölü, İznik Gölü, Sapanca Gölü, Uluabat Gölü ve Manyas Gölü, açık havası olan tatlı su gölleridir. Bunların haricinde özellikle Güney Marmara Bölümü'nde Biga Yarımadası üzerinde sulama yapılır.
