Medisinal kimya aynı zamanda terapötik kimya, farmakokimya, farmasötik kimya olarak da isimlendirilir. Eskiden kimyasal farmasi olarak isimlendirilmiştir. Yani bütün bu isimler bugün eş anlamlıdır ve başka bilim dallarına karşılık gelmemektedir.
Alfred Burger 1970 yılında yayınladığı ve şu ana kadar iyisi yazılamayan kitabında farmasötik kimyayı şöyle tanımlıyor: Medisinal kimya kökleri kimya ve biyolojinin tüm branşlarında yatan bir bilimdir.Temel olarak ilaçların etki mekanizmasının anlaşılması ve anlatılması ile uğraşır. Bu temelde ilaç etkisi ile kimyasal yapısı arasında bir ilişki kurmaya ve ilacın biyodinamik davranışını kimyasal yapısı ve fiziksel özellikleri ile ilişkilendirmeye çalışır.
Medisinal kimya aynı zamanda tıpta hastalıkların tanı ve tedavisinde kullanılabilecek kimyasal maddelerin izolasyon, sentez ve karakterizasyonu ile de ilişkili bir bilimdir.
1974 yılında IUPAC Information Bulletin'de yayınlanan teknik raporda medisinal kimya şu şekilde tanımlanmıştır:
Medisinal kimya biyolojik olarak etkili bileşiğin izolasyonu, tanımlanması, etki mekanizmasının moleküler düzeyde incelenmesi ve anlaşılması ile uğraraşan bir bilimdir. Medisinal kimya aynı zamanda ilaç ve benzeri maddelerin metabolik ürünlerinin sentezi ve tanınması ile de uğraşan bir bilim dalıdır.
Bu tariflerden anlaşılacağı gibi medisinal kimya sadece bir organik kimya değildir. Biyoloji, biyokimya ve farmakoloji ile de yakından ilişkilidir.
21. Yüzyılın ilk çeyreğinde farmasötik kimya konularını oluşturacak ve farmasötik kimyacıların ilgi alanı içinde önemli yer tutacak olan konular biyopolimerin kimyası olacaktır. Biyoteknolojik ürünlerin hızla önem kazandığı günümüzde, farmasötik kimyacı bu eğilimi yakalayabilmek için iyi derecede protein kimyası, nükleik asit kimyası ve lipid ve lipoprotein kimyası bilmek zorundadır.Yaşamın sırları biyopolimerlerin kıvrımlarında yatmaktadır. Biyopolimerlerin konformasyonları iyi bilinmelidir. Bu nedenle, çok iyi derecede X-ışınları difraksiyonu ve multidimensional NMR tekniklerini bilmeli, kombinatorial kimya bilgisini artırmalıdır. Protein, nükleik asit ve diğer biyopolimerlerin ayrımı, sentezi ve stabilitesi konularında çalışmalar artacaktır. Bu gibi konularda yetişen medisinal kimyacılar bilimsel zirveleri zorlayabilirler diye düşünmek yanlış olmaz. Ayrıca, bilgisayar ve yazılım tasarımı, kompütasyonal kimya, rekombinant DNA teknolojisi ürünleri, iyon kanalları, hücreiçi haberleşme, enzim inhibisyonu ve inhibitörleri gibi konular güncelliğini koruyacaktır.
21. Yüzyıl, ilaçta patenti kabul eden ülkemizde farmasötik kimya ve farmasötik kimyacının önemini artıracaktır.
