Thomas H. Morgan (d. 25 Eylül 1866, Lexington, Kentucky - ö. 4 Aralık 1945, Pasadena, Kaliforniya, ABD), ABD 'li zooloji ve genetik bilgini. Sirke sinekleriyle (Drosophila cinsi) yaptığı deneyler sonucunda kromozomlara dayanan çağdaş kalıtım kuramını geliştirmiş, bu çalışmalarıyla 1933 Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülü'nü almıştır.