Çok eski tarihi geçmişi olan Kız Kulesi, bir zamanlar, Boğazdan geçen gemilerden vergi alınmak maksadı ile kullanılmıştır. Kule ile Avrupa Yakası boyunca büyük bir zincir çekilmiş ve gemilerin Anadolu Yakası ile Kız Kulesi arasından geçişine (o zamanlar gemi boyutları küçük olduğu için geçebilmekteydi) izin verilmiştir. Bir süre sonra Kule, zinciri taşıyamamış ve Avrupa Yakası'na doğru yıkılmıştır. Kuleden suyun içinde bakıldığında yıkıntıları görülmektedir.

Kızkulesi'nin mimari yapılanma süreci MÖ 341 yılına kadar uzanır. O dönemlerde Boğaz’ın çıkıntısı olan bu burun, (daha önce yarımada olduğu ile ilgili söylenceler vardır) "vus" adı ile anılır. Bu tarihte Komutan Chares'in eşi için, mermer sütunlar üzerine yapılan bir anıt mezar kimliğinden sonra, MÖ 410'da Sarayburnu'nun bulunduğu yerden, kulenin bulunduğu adaya zincir gerilerek, Boğaz’ın giriş ve çıkışlarını kontrol eden bir gümrük istasyonu haline getirilir. MS 1110’lara gelindiğinde ise ilk belirgin yapı (kule), İmparator Manuel Comnenos tarafından inşa ettirilir. Savunma kulesi olarak inşa ettirilen bu yapı "Küçük Kale" anlamına gelen Arcla adını alır. Bu yapı ile ilgili net bilgiler olmamakla birlikte, bugünkü boyutlarına yakın olduğu düşünülmektedir.

Deniz içinde karadan bir ok atımı uzak, dört köşe, sanatkarane yapılmış bir yüksek kuledir. Yüksekliği tam seksen arşundur. Sathı mesehası iki yüz adımdır. İki taraftan yerde kapısı vardır.

İstanbul'un fethi sırasında savunma amaçlı olarak kullanılan kule, 1453 yılından sonra çok farklı amaçlarla kullanılmıştır. Osmanlı döneminde savunma kalesi olmaktan çok bir gösteri platformu olarak kullanılmış ve Mehterler burada adaya yerleştirilen topların atışları ile birlikte nevbet (bir çesit İstiklal Marşı) okumuşlardır. 1509 depreminde zarar gören yapı, daha sonraki yıllarda tekrar inşa ettirilir. Bunun dışında ilave edilen fenerle de gemilere yol gösterme işlevi yüklenir. O dönemde inşa edilen yapı, kule ve kale olarak iki ayrı bölümden oluşmuş ve içine sarnıç yapılmıştır. 1719 yılında fenerden çıkan alevle yanan Kızkulesi, 1725 yılında şehrin Baş Mimarı Nevşehirli Damat İbrahim Paşa tarafından tekrar onarılır. Kule kısmı biraz değiştirilerek üst tarafa camlı bir köşk ve onun üzerine de kurşunla kaplı bir kubbe oturtturulur ve bina kâgir olarak tekrar yapılır. 1830 senesinde kolera salgınının şehre yayılmaması için karantina hastanesine dönüşür. Osmanlı İmparatorluğu'nun çöküş devrine girmesi ile tekrar savunma kalesi olarak kullanılmaya başlanır ve toplarla donatılır.
Sonrasında, ünlü hattat Rakim'in yazısı ile kapısının üzerindeki mermere Sultan II. Mahmut'un tuğrasını taşıyan kitabe yerleştirilir. 1857'de tekrar fener ilave edilir ve 1920 yılında fenerin lambası otomatik ışık yapma sistemine kavuşur. 1944 senesinde yenileme yapılır. 1959 senesinde Askeriye'ye devredilir ve radar istasyonu olarak kullanılır. 1982 senesinde Türkiye Denizcilik İşletmeleri'ne devredilir ve bu dönemde bir ara geçici olarak siyanür deposu olarak kullanılır.

Kız Kulesi Efsaneleri

Kızkulesi'nin ulaşılmazlığı nedeniyle, insanlar onun içinde yaşanılanlar hakkında çok fazla bilgiye sahip olamamışlar ve içi ile ilgili hikâyeler anlatıp ve düşler kurmakla yetinmişlerdir.

İlk Hikaye

Kızkulesi ile ilgili anlatılan ilk hikâye; Ovidius'un kaydettiği bir aşk hikâyesidir. Hero ile Leandros adlı iki gencin hüzünlü aşkını anlatan bu hikâye, Hero'nun kuleden ayrılmasıyla başlar. Hero, Afrodit'in rahibelerindendir ve aşka yasaklıdır. Yıllar sonra Afrodit'in tapınağında yapılan bir törene katılmak için kuleden ayrılır ve orada Leandros ile karşılaşır. Birbirine aşık olan iki genç, Leandros'un gece kuleye gelmesi ile aşklarını kutsarlar. Kızkulesi her gece iki gencin gizli aşkına ve yasak sevişmelerine tanıklık eder. Leandros'un yüzerek kuleye geldiği fırtınalı bir günde Hero'nun yaktığı sevda ateşinin feneri söner. Karanlıkta yolunu kaybeden Leandros, Boğaz’ın sularına gömülür. Sevgilisinin öldüğünü gören Hero da kendini Kızkulesi'nden Boğaz’ın sularına bırakır.

İkinci Hikaye

Kavuşamayan âşıklara atfen anlatılan bu hikâyeden başka bir de; Kleopatra'nın sonuna benzer bir sonun anlatıldığı yılan hikâyesi vardır. Kehanete göre kralın birine, çok sevdiği kızı onsekiz yaşına geldiğinde bir yılan tarafından sokularak öleceği söylenir. Bunun üzerine kral, denizin ortasındaki bu kuleyi onararak kızını buraya yerleştirir. Kaderin kaçınılmazlığını kanıtlarcasına, kuleye gönderilen üzüm sepetinden çıkan bir yılan, prensesin tenine süzülerek zehrini boşaltır. Kral, kızına demirden bir tabut yaptırarak Ayasofya'nın giriş kapısının üstüne yerleştirir. Bugün bu tabutun üstünde iki delik vardır. Yılanın, ölümünden sonra da onu rahat bırakmadığına dair hikâyeler anlatılır.

Üçüncü Hikaye

En son anlatılan hikâye ise Osmanlı Dönemi ile ilgilidir. Bu hikayede, Battal Gazi'nin askerleri ile Kızkulesi'ne baskın yaparak kuleye saklanan hazinelerin ve Üsküdar Tekfuru'nun kızını kaçırdığını anlatır. Battal Gazi, tekfurun kızı ve hazinelerini aldıktan sonra Üsküdar'dan atına atlayıp oradan uzaklaşmıştır. Çokça bilinen "Atı alan Üsküdar'ı geçti" lafı bu hikâyeden gelir.
Bu hikâyeden günümüze gelen bir diğer şey de küçük kulemizin ismi ile ilgilidir. Diğer efsanelerdeki prenseslere de atfen Türkler buraya Kız Kulesi ismini vermişlerdir. Antikçağ'da "Arkla" (küçük kale) ve "Damialis" (dana yavrusu) adları ile anılan kule, bir ara da "Tour de Leandros" (Leandros'un Kulesi) ismi ile ün yapmıştır. Bu eşsiz yapı, günümüzde ise "Kızkulesi" adı ile bütünleşerek, bu isimle anılmaya devam etmiştir.