Uygur halkı iki defa, 1933 ve 1944 yıllında, kendi otonom cumhuriyetini kurmuştur. Çin Halk Cumhuriyeti 1949 da Doğu Türkistanı işgal ederek, Uygurların 1944 den beri var olan 2. Doğu Türkistan Cumhuriyetini yok etmiştir. Uygur halkı, Çin içerisinde kendi geleneklerini ve kültürlerini sürdüremediklerinden yakınmaktadır. Uygurlar, her ne kadar sözde özerk bir cumhuriyete sahip olsalar da, Çin egemenliğine girdiklerinden beri bağımsızlıkları için mücadele etmektedirler. Uygurlar, Mani dininin terimlerini Türkçe'ye çevirerek ulusal kimliklerini koruma uğraşısı içinde olduklarını göstermişlerdir.

11 Eylül 2001 olaylarından sonra Çin hükümeti her türlü Uygur direnişini islamist terör diye adlandırıp, yasa dışı göstermek için çaba sarf etmektedir. Bazı insan hakları örgütlerine göre, Doğu Türkistanda 1990 den bu yana 700 Uygur Türkü idam edilmiştir.[4]