Biyolojinin Tarihçesi
Vikipedi, özgür ansiklopedi

Biyolojinin tarihinde antik çağlardan günümüze yaşayan dünyanın incelenmesi ele alınmaktadır.Her ne kadar biyoloji kavramı belirli bir bilimsel alan olarak 19. yüzyılda ortaya çıkmış olsa da biyoloji bilimleri ayurveda, Antik Mısır tıbbı ve Greko-Romen dünyada Aristoteles ile Galen'in çalışmalarına kadar uzanan tıb tarihine ve doğa tarihine dayanmaktadır. Antik çağlarda ortaya çıkan bu çalışmalar Orta Çağ'da İbni Sina gibi müslüman bilimadamları ve doktorlar tarafından ilerletilmiştir. Avrupa Rönesans döneminde ve modern çağın başlarında ampirizme yeniden duyulan bir ilgi ve bir çok yeni organizmanın keşfiyle birlikte biyolojik düşünce alanında bir devrim ortaya çıkmıştır. Bu dönemde öne çıkanlar arasında fizyoloji alanında deneysel çalışmalar ve çok dikkatli gözlemler yapmış olan Vesalius ile Harvey; fosilleri ve yaşam çeşitliliğini sınıflandırmaya başlayan ve organizmaların gelişmeleri ile davranışlarını izleyen Linnaeus ile Buffon gibi doğa bilimcileri sayılabilir. Mikroskobun bulunması ile daha önceden bilinmeyen mikroorganizmaların dünyası ortaya çıkmış ve hücre teorisinin ilk çalışmaları başlamıştır. Özellikle mekanik felsefenin çıkışına karşı doğal teolojinin giderek artan önemi doğa tarihi üzerine yapılan çalışmaların gelişmesine cesaret vermiştir.
Botanik ve zooloji 18 ve 19. yüzyıllarda giderek daha profesyonel bilim dalları hâline gelmiştir. Lavoisier ve diğer fizikçiler canlı ve cansız dünyaları fizik ve kimya ile birleştirmeye başlamıştır. Alexander von Humboldt gibi kâşif - doğa bilimcileri organizmaların kendi aralarında ve çevre ile olan ilişkilerini ve bu ilişkilerin coğrafyaya olan bağlılıklarını incelemeye başlamış ve biyocoğrafya, ekoloji ve etolojinin temelleri atılmıştır. Doğa bilimcileri özcülüğü reddetmeye, soy tükenmesinin ve türlerin mutasyonun önemini kavramaya başlamışlardır. Hücre teorisi yaşamın temeli üzerine yeni perspektifler getirmiştir. Bu gelişmeler ve embriyoloji ile paleontolojinin getirdiği sonuçlar ışığında Charles Darwin'in doğal seleksiyon ile evrim teorisi ortaya çıkmıştır. Canlı maddelerin cansız maddelerden kendiliğinden meydana geldiği teorisi 19. yüzyılın sonlarında artık kabul görmemeye başlamış, hastalık yapıcı mikrop teorisi yükselişe geçmiştir ama kalıtımın işleyişi hâla bir gizem olarak kalmıştır.
Mendel'in çalışmalarının 20. yüzyılın başlarında tekrar bulunması kısa sürede Thomas Hunt Morgan ve öğrencilerinin genetik bilimini geliştirmelerini sağlamıştır. 1930'lara gelindiğinde popülasyon genetiği ve doğal seleksiyon neo-Darwinci sentez olarak ortaya çıkmıştır. Özellikle Watson ve Crick DNA'nın yapısını önerdikten sonra yeni disiplinler hızlı bir gelişme kaydetmiştir. Merkezi dogmanın ortaya atılışından ve genetik kodun çözülmesinden sonra biyoloji organizmaların bütünüyle ve organizma gruplarıyla ilgilenen "organizma biyolojisi" ve hücre ve moleküler biyoloji olarak ayrılmıştır. Bu ayrım 20. yüzyılın sonlarına doğru organizma biyologlarının moleküler teknikler kullanması ile birlikte moleküler ve hücre biyologlarının da genlerin çevre ile ilişkilerini araştırması ve doğal organizma popülasyonlarının genetiği gibi tersine dönerek genomik ile proteomik gibi yeni alanlar ortaya çıkmıştır.

"Biyoloji"nin etimolojisi
Biyoloji sözcüğü Yunanca yaşam anlamına gelen βίος (bios)sözcüğü ile Yunanca seçmek, toplamak anlamına gelen λέγειν (legein) filinden türetilen ve bilim anlamına gelen '-loji',ekinin birleşmesinden oluşmuştur. Günümüzdeki anlamıyla biyoloji sözcüğü birbirlerinden bağımsız olarak 1800 yılında Karl Friedrich Burdach, 1802 yılında Gottfried Reinhold Treviranus (Biologie oder Philosophie der lebenden Natur, 1802)ve Jean-Baptiste Lamarck (Hydrogéologie, 1802)tarafından kullanılmıştır..[1][2] Sözcüğün kendisi ise 1766 yılında yayımlanan Michael Christoph Hanov'un Philosophiae naturalis sive physicae dogmaticae: Geologia, biologia, phytologia generalis et dendrologia,adlı kitabının üçüncü cildinde geçer.
Hayvanlar ve bitkilerin incelenmesi için biyoloji,sözcüğünden önce başka terimler kullanılmıştır. Biyolojinin tanımla işlevi için doğa tarihi adı kullanılmıştır ama bu terimin içinde aynı zamanda mineraloji gibi biyoloji dışı alanlarda yer alıyordu. Orta Çağldan Rönesans'a kadar doğa tarihinin birleştirici ekseni scala naturae ya da Büyük Varlık Zinciri olarak tanımlanıyordu. Doğa felsefesi ve doğa teolojsi bitki ve hayvan yaşamının kavramsal ve metafizik temellerinin ötesine geçerek organizmaların neden var olduğu, davranışlarının temelinde ne yattığı konularıyla ilgileniyordu ve ayrıca günümüzde jeoloji, fizik, kimya ve astronomi dallarını da içinde barındırıyordu. Fizyoloji ve (botanik) farmakoloji tıp alanında inceleniyordu. Genel olarak biyoloji terimi kabul görmeden önce 18 ve 19. yüzyıllarda doğa tarihi ve doğa felsefesi terimlerinin yerine botanik, zooloji ve fosillerle ilgili olarak da jeoloji kullanılmaya başlandı.Günümüzde de "botanik" ve "zooloji" oldukça yaygın olarak kullanılmaktadır ama yanlarına mikoloji ve moleküler biyoloji gibi biyolojinin diğer altdalları da eklenmiştir..

Antik ve Orta Çağ dönemi
Erken dönem kültürleri İlk insanlar, hayatta kalabilmek için gerekli olan bitkiler ve hayvanlar hakkında sahip oldukları bilgileri nesilden nesile aktarmış olmamalılar. Bu aktarılan bilgilerin arasında hayvan ve insan anatomisi ve göç dönemleri gibi hayvan davranışları hakkında olan bilgiler de yer almış olmalıdır. Yine de biyoloji bilgisi açısından ilk önemli dönüm noktası 10,000 yıl önce ortaya çıkan Neolitik Devrimdir. İnsanlar ilk defa bu dönemde tarım yapmak için bitkileriden yararlanmış ve yerleşik toplulukların yararlanması için ilk olarak hayvanlar evcilleştirilmiştir.

Mezopotamya, Antik Mısır, Hindistan altkıtası, Çin gibi eski kültürler birbirinden bağımsız ve karmaşık doğa felsefesi üzerine görüşler oluşturan Sushruta, Zhang Zhonjing gibi tanınmış cerrahlar ve doğa bilimleri ile ilgilenen kişiler ortaya çıkarmıştır. Ancak modern biyolojinin kökeni Antik Yunan felsefesinin seküler geleneğine dayandırılır.
Bilinen en eski tıp sistemlerinden biri olan Ayurveda Hint altkıtasında MÖ 1500 yıllarında, Hint kültürünün en eski dört kitabından biri olan Atharvaveda'dan kaynaklanmıştır. Dİğer antik tıp metinleri arasında Antik Mısırlılardan kalma Edwin Smith Papirüsü sayılabilir. Ayrıca bu metinde insan kalıntılarını koruma ve çürümesini engelleme için kullanılan mumyalama işleminin geliştirilmesinden de söz edilir. Antik Çin'de biyoloji konularının Çinli herbologların, doktorların, simyacıların ve filozofların eserleri arasında yer aldığı görülmektedir. Örneğin, son hedefi "hayat iksiri" olan Çin simyasının Taocu geleneği, sağlık üzerine verdiği önem nedeniyle yaşam bilimlerinin bir parçası olarak görülebilir. Klasik Çin tıbbı sistemi genellikle yin ve yang teorisi ile beş element çevresinde şekillenmiştir.Zhuangzi gibi Taocu filozoflar MÖ 4. yüzyılda evrim ile ilgili fikirler oluşturmuş, biyolojik türlerin değişmezliğini reddetmiş ve türlerin değişik çevrelere cevap verebilmek için değişik özellikler geliştirdiklerini öne sürmüştür.
Antik Hint Ayurveda geleneği Antik Yunanistan tıbbının dört mizaç kuramına benzeyen üç mizaç kavramını bağımsız olarak geliştirdi, ancak Ayurveda sisteminde ayrıca vücudun beş elementten ve yedi temel dokudan oluştuğu da yer almaktaydı. Ayurveda yazarları yaşayan nesneleri doğum yöntemlerine göre; rahimden, yumurtadan, ısı ve nemden, ve tohumlardan olmak üzere dört kategoriye ayırdı ve fetüsün döllenmesi kavramını açıkladı. Aynı zamanda, insan diseksiyonu ve hayvanları canlı olarak kesme yöntemleri kullanmadan dahi cerrahi üzerine önemli ilerlemeler kaydettiler.Sushruta Samhita, MÖ 6. yüzyılda Sushruta tarafından yazıldığı öne sürülen İlk Ayurveda bilimsel eserlerinden biridir. İlk tıp metinlerinden biri sayılan bu eserde 700 tıbbî bitki, mineral kaynaklarla hazırlanan 64 ve hayvansal kaynaklardan hazırlanan 57 ilâç tanımlanır.


Antik Yunan gelenekleri
Sokrates öncesi düşünürler yaşam hakkında çok soru sordular ancak özellikle biyoloji ile ilgili çok az sistematik bilgi ürettiler. Yine de atomcuların yaşamı yalnızca fiziksel terimlerle açıklama çabaları biyoloji tarihi boyunca dönem dönem ortaya çıkmıştır. Ama Hipokrat ve takipçilerinin tıbbî teorilerinin, özelikle mizaç kuramının etkisi kalıcı olmuştur.
Düşünür Aristoteles Klâsik Antik Çağın yaşayan dünya hakkında en nüfuzlu bilginiydi. Her ne kadar doğa felsefesi hakkındaki ilk eserleri spekülatif olsa da biyoloji hakkında verdiği daha sonraki eserlerinin çoğu ampirik kaynaklıydı ve biyolojik nedensellik ile yaşamın çeşitliliği üzerineydi. Özelikle çevresinde bulunan bitki ve hayvanların nitelikleri ve yaşam biçimleri hakkında sayısız doğa gözlemi yapmıştır ve kategorizasyona büyük önem vermiştir. Aristoteles 540 hayvan türünü sınıflandırmış ve en az 50'sini keserek incelemiştir. Entellektüel amaçların ve formel nedenin tüm doğal süreçleri yönlendirdiğine inanmıştır.
Aristoteles ve ondan sonra 18. yüzyıla kadar gelen tüm Batı âlimleri, yaratıkların bitkilerden insanlara, giderek artan bir mükemmeliyet skalasında ( scala naturae ya da Büyük Varlık Zinciri) yer aldığına inanmıştır. Aristoteles'in Lykeion'daki halefi Theophrastus, botanik üzerine Bitkilerin Tarihi adında bir seri kitap yazmıştır ki antik çağların botanik üzerine en önemli katkısıdır. Theophrastus'un kullandığı terimlerin birçoğu, örneğin meyve için carpos ve tohum kanalı için pericarpion gibi günümüzde hâlâ kullanılmaktadır. Gaius Plinius Secundus da bitkiler ve doğa hakkındaki bilgisi nedeniyle tanınmıştır ve zoolojik tanımlamaları biraraya getirmiştir.
Helenistik dönemde Ptolemaios Hanedanı zamanının bazı âlimleri, özelikle Herophilos ve Erasistratos, Aristoteles'in fizyolojik çalışmalarına eklemeler yapmış ve deneysel diseksiyonlar yapmıştır.Claudius Galen tıp ve anatomi alanında en önemli otorite olmuştur. Her ne kadar Lucretius gibi birkaç antik atomcu, Aristoteles'in yaşamın tüm yönlerinin belirli bir tasarım ya da amacın sonucu olduğunu söyleyen teleolojik görüşlerine karşı çıkmışsa da teleoloji ve özelikle de hristiyanlığın yükselişinden sonra doğa teleolojisi 18 ve 19. yüzyıllara kadar biyolojik düşüncenin merkezinde yer almıştır. Ernst W. Mayr, "Lucretius ve Galen'den sonra Rönesans'a kadar biyolojide önemli bir şey olmamıştır." diye belirtmiştir. Doğa tarihi ve tıp üzerine olan Antik Yunan gelenekleri yaşamaya devam etmiş ancak Orta Çağ avrupasında genellikle sorgulanmadan kabul görmüştür.

Orta Çağ ve İslam bilgisi
Roma İmparatorluğu'nun gerilemesi birçok bilginin ortadan kaybolmasına ve yokolmasına neden olduysa da birçok tıb adamı eğitim ve uygulama yoluyla Antik Yunan geleneklerini sürdürüyordu. Bizans ve İslami dünyada birçok Antik Yunan eseri Arapçaya çevrilmiş ve Aristoteles'in eserlerinin çoğu korunabilmiştir.

Orta Çağ müslüman tıp adamları, âlimleri ve düşünürleri 8 ile 13. yüzyıllar arasında, "İslam'ın Altın Çağı" ya da "İslam tarım devrimi" diye bilinen dönemde biyoloji bilgisine çok önemli katkılarda bulunmuşlardır. Örneğin zooloji alanında Doğu Afrika kökenli Arap âlim el-Cahız (781–869) yaşam için mücadele gibi evrim ile ilgili fikirleri ilk defa ortaya koymuştur Aynı zamanda besin zinciri fikrini de ortaya atmıştır ve çevresel determinizmin ilk takipçilerindendir. Kürt biyolog el-Dinaveri (828–896) Arap botaniğinin kurucusu sayılır. Yazdığı Kitab-el Nebat en azından 637 türü tanımlar, filizlenmeden ölüme kadar bitki gelişmesini, bu gelişmenin etaplarını ve çiçekler ile meyvelerin oluşumunu anlatır.El-Birûni yapay seleksiyonu tanımlamış ve doğanın da benzer şekilde işlediğini söylemiştir; bu fikir doğal seleksiyon ile kıyaslanır.
Deneysel tıp alanında İbn-i Sina (980–1037) El-Kanun fi't-Tıb adlı eserinde klinik denemeler ve klinik farmakoloji kavramlarını ileri sürdü.Bu eser 17. yüzyıla kadar Avrupa tıp eğitiminde çok önemli bir metin olarak kullanılmıştır. Endülüslü-Arap tıp adamı İbn-i Zühr (1091–1161) deneysel diseksiyon ve otopsinin ilk takipçilerindendir. Yaptığı otopsilerle bir deri hastalığı olan uyuzun nedeninin bir parazit olduğunu kanıtlayarak mizaç teorisini sarsmıştır.Aynı zamanda insanlar üzerinde kullanmadan önce hayvanlar üzerinde test yapılmayı öngören deneysel cerrahiyi başlattı. Mısır'da 1200 yılında bir kıtlık sırasında Abdullâtif el-Bağdadi birçok iskeleti inceleyerek Galen'in alt çene ve leğen kemiklerinin oluşumuna dair görüşlerinin yanlış olduğunu buldu.
Endülüslü-Arap biyolog Ebu Abbas el-Nebati, 13. yüzyılın başlarında, botanik alanında sayısız tıp metninin test edilmesi ve tanımlanması için ampirik ve deneysel tekniklerden oluşan bir bilimsel yöntem geliştirerek gerçek deneyler ve gözlemlerle desteklenen metinleri doğruluğu kanıtlanamamış metinlerden ayırdı.Öğrencisi İbn el-Baytar (d. 1248) içinde 300'ü kendi keşfi olan 1.400 bitki, gıda ve ilacın tanımlandığı bir eczacılık ansiklopedisi yazmıştır. Bu eserin Latince çevirisi 18 ve 19. yüzyıllarda Avrupalı biyolog ve eczacılara çok yararlı olmuştur.

Arap tıp adamı İbn Nefis de (1213–1288) deneysel diseksiyon ve otopsinin ilk takipçilerindendir ve 1242 yılında dolaşım sisteminin temelini oluşturan pulmoner dolaşım ve koroner dolaşımı bulmuştur. Aynı zamanda metabolizma kavramını tanımlamış, ve Galen ile İbn-i Sina'nın dört mizaç teorisi ile birlikte nabız,kemikler, kaslar, bağırsaklar, duyu organları, safra kanalları, özofagus ve mide hakkındaki görüşlerinin doğru olmadığını gösterdi.
Orta Çağın ortalarında Bingenli Hildegard, Albertus Magnus ve II. Friedrich gibi az sayıda âlim doğa tarihi üzerinde çalışmalar yapmıştır. Avrupa üniversitelerinin ortaya çıkışı fizik ve felsefe alanında önemli gelişmelere yol açtıysa da biyoloji alanında pek etkili olamamıştır.

Rönesans ve ilk modern gelişmeler
Rönesans ile birlikte ampirik doğa tarihi ve fizyoloji üzerine büyük bir ilgi gösterilmiştir. Andreas Vesalius 1543 yılında, insan anatomisi hakkında olan ve cesetlerin disseksiyonuna dayanan De humani corporis fabrica adlı eseriyle Batı tıbbında modern devri başlattı. Vesalius ve sonrasında gelen bir dizi anatomist, otoriter bilgi ve soyutlamanın ötesinde ilk elden deneysel çalışmalara dayanarak fizyoloji ve tıp alanında skolastik görüşün yerine deneyciliği koydu. Herboloji yoluyla tıp aynı zamanda bitkiler üzerine edinilen bilgilere yeni bir deneysel kaynak oluşturdu. Otto Brunfels, Hieronymus Bock ve Leonhart Fuchs bitkiler üzerine oldukça fazla eser vererek bitki yaşamının tamamı üzerine yeni bir doğal yaklaşımı başlattılar. Hayvanlar hakkında hem doğal hem de figüratif bilgilerin toplandığı eserler de giderek daha sofistike hâle gelmeye başladı. Hayvanlar hakkında önemli eserler verenler arasında William Turner, Pierre Belon, Guillaume Rondelet, Conrad Gessner ve Ulisse Aldrovandi sayılabilir.
Doğa bilginleri ile çalışan Albrecht Dürer ve Leonardo da Vinci gibi sanatçılar da hayvan ve insan bedenleriyle ilgilendiler ve detaylı fizyoloji çalışmalarıyla gittikçe büyüyen anatomi bilgisine katkıda bulundular. Simya ve doğal büyü gelenekleri, özellikle Paracelsus'un çalışmaları yaşayan dünya hakkında varolan bilgilere katkı sağladı. Simyacılar organik maddeyi kimyasal analize tabi tuttular ve hem biyolojik hem de mineral farmakoloji ile ilgili deneyler yaptılar. Bu gelişmeler 17. yüzyıla kadar devam eden mekanik felsefenin ortaya çıkışıyla geleneksel organizma olarak doğa metaforunun makina olarak doğa metaforuyla değişmesinin bir parçasıydı.