İşler Nefertiti'nin umduğu gibi gitmez. Halk, Nefertiti ve Amenhotep'un hükümdarlığından rahatsızdı. Amenhotep'un annesi ve Nefertiti'nin kayınvalidesi olan Kraliçe Tiye, saraya, halkın rahatsızlıklarını ve hükümdarlığın nasıl tehditler altında bulunduğu konularında Amenhetop'u uyarmaya geldi ve tüm bu durumların suçlusu olarak Nefertiti'yi gösterdi.

Amenhotep, hükümdalığının 13. yılına girerken araları bozulan çift, Nefertiti'nin hayatta kalan son dört kızı ve Tutankhamun'u alarak Aton Şatosu'na çekilmesiyle, bitme noktasına geldi. Ve bu, Nefertiti hakkında bulunan son iz oldu. Tarihçiler Nefertiti'nin Aton Şatosu'nda öldüğü ya da öldürüldüğü görüşündeler.