Antipsikotik ilaçların uzun dönemli yan etkileri dikkate değer ölçüde daha ciddi bir sorun yaratabilir. Tardif diskinezi (TD), büyük çoğunlukla ağız, dudaklar ve dili ve bazen gövde veya kol ve bacakları etkileyen istem dışı hareketlerle belirgin bir bozukluktur. Uzun yıllardır eski antipsikotik ilaçları kullanan hastaların %15-20'unda görülür; ancak TD bu ilaçlarla daha kısa süreyle tedavi edilmiş hastalarda da gelişebilmektedir. Çoğu olguda, TD semptomları hafiftir ve hasta hareketlerin farkında olmayabilir. Yeni antipsikotik ilaçların TD oluşturma riskinin eski ilaçlara kıyasla çok daha düşük olduğu düşünülmektedir. Ancak, yeni ilaçlarda risk sıfır değildir ve kilo artışı gibi yan etkileri olabilmektedir. Ayrıca, çok yüksek dozda verildiğinde yeni laçlar da sosyal içe kapanma ve hareketi etkileyen bir bozukluk olan Parkinson hastalığını andıran semptomlara yol açabilmektedir. Bununla birlikte, yeni antipsikotik ilaçlar tedavide bir ilerlemedir ve şizofreni hastalarında optimal kullanımları çok sayıda yeni araştırmanın konusudur.