Filogenetik Ağaç (Evrim Ağacı)
VIP VIP Üye
Filogenetik Ağaç
Bir filogenetik ağaç veya evrim ağacı farklı biyolojik türler veya ortak bir atası olduğuna inanılan diğer varlıkların arasındaki evrimsel ilişkileri gösteren bir grafik ağaçtır. Bir filogenetik ağaçta, her bir altsoy kavşağı altsoyların ortak atasını temsil etmektedir ve bazı ağaçların kenar uzunlukları zaman tahminlerinleriyle ilişkilidir. Her kavşak bir taksonomi birimidir. İç kavşaklar genellikle, doğrudan gözlemlenemeyeceği için hipotetik taksonomi birimleri olarak adlandırılmaktadır.
Her bir metod çoğunlukla farklı bir sonuca götürmektedir. Zaten kesin ve doğru bir sonuç (ağaç) beklentisi de yerinde değildir. Endüstriyel istatistik uzmanı George Box’un da dediği gibi “Bütün modeller yanlıştır, ancak bazıları kullanışlıdır.”
Filogenetikte kullanılan metotların bazıları şunlardır:
1. Parsimony Metodu
İki birim arasında en az değişiklik gerektiren ağaç en makul olan ağaçtır. Bu şu demektir: en az farklı olan birimler birbirine en yakın ve benzeyen birimlerdir.
2. Maximum likelihood Metodu
Bu metodun kuramsal olarak nasıl işlediğini kavramak için yeteri istatistik bilgisini donanmış olmak elzemdir. Ancak basitleştirirsek, eldeki bilgi ile olması ihtimali en yüksek ağaç ya da çözümleme en makbul olanıdır.
3. Bayes Metodu
Hemen her alanda kullanımı oldukça yaygınlaşan istatistik modeli filogenetiğin en popüler metodudur. Temelde Likelihood metoduna benzemekle beraber, öncül (prior) olasılık kullanımı ile bu metoddan ayrılır.
- Derlemedir -
Sponsorlu Bağlantılar
Bir filogenetik ağaç veya evrim ağacı farklı biyolojik türler veya ortak bir atası olduğuna inanılan diğer varlıkların arasındaki evrimsel ilişkileri gösteren bir grafik ağaçtır. Bir filogenetik ağaçta, her bir altsoy kavşağı altsoyların ortak atasını temsil etmektedir ve bazı ağaçların kenar uzunlukları zaman tahminlerinleriyle ilişkilidir. Her kavşak bir taksonomi birimidir. İç kavşaklar genellikle, doğrudan gözlemlenemeyeceği için hipotetik taksonomi birimleri olarak adlandırılmaktadır.
Fig. 1: rRNA genleri için oluşturulmuş tartışmaya açık bir ağaç
Filogenetikte kullanılan metotların bazıları şunlardır:
1. Parsimony Metodu
İki birim arasında en az değişiklik gerektiren ağaç en makul olan ağaçtır. Bu şu demektir: en az farklı olan birimler birbirine en yakın ve benzeyen birimlerdir.
2. Maximum likelihood Metodu
Bu metodun kuramsal olarak nasıl işlediğini kavramak için yeteri istatistik bilgisini donanmış olmak elzemdir. Ancak basitleştirirsek, eldeki bilgi ile olması ihtimali en yüksek ağaç ya da çözümleme en makbul olanıdır.
3. Bayes Metodu
Hemen her alanda kullanımı oldukça yaygınlaşan istatistik modeli filogenetiğin en popüler metodudur. Temelde Likelihood metoduna benzemekle beraber, öncül (prior) olasılık kullanımı ile bu metoddan ayrılır.
- Derlemedir -
Tanrı varsa eğer, ruhumu kutsasın... Ruhum varsa eğer!
