Çevresindeki din âlimlerine danışan Fâtih Sultân Mehmed bu isteklerini geri çevirmemiş ve camiye çevrilenlerin dışında kalan kilise ve havralara hakkı olduğu halde müdahale etmemiştir. Günümüze kadar yaşayan kilise ve havraların gerçek sırrının Fâtih'in din ve vicdan hürriyeti anlayışı oluğunu Osmanlı Devleti'nin şanlı Şeyhülislâmı Ebüssuud Efendi verdiği bir fetvâda vuzuha kavuşturmaktadır. Bu fetvânın aslı aynen şöyledir:
“Merhûm Sultân Muhammed Hân hazretleri Mahmiye-i İstanbul'u ve etrafındaki karyeleri unveten feth eylemiş midir? El-Cevab: Ma'ruf olan unveten (cebr ile) fetihdir. Amma kenais-i kadime (eski kiliseler) sulhen fethe delâlet eder. 945 tarihinde bu husus teftiş olunmuştur. 130 yaşında bir kimesne ve 110 yaşında bir kimesne bulunup Yehud ve Nasara tâifesi el altından Sultân Muhammed Hân ile ittifak edüb Tekfur'a nusret etmeyecek olub Sultân Muhammed dahi anları seby etmeyüb (esir almayub) halleri üzere mukarrer edecek olub bu vechile feth olundu deyu şahadet edüb bu şahadet ile kenâsi-i kadîme hali üzere kalmıştır. Ketebehu Ebüssuud”.