Cevap Yaz Yazdır
Gösterim: 15.201|Cevap: 3|Güncelleme: 15 Haziran 2016

Nükleotid ve Nükleozit

27 Ekim 2006 17:25   |   Mesaj #1   |   
Avatarı yok
Ziyaretçi

NÜKLEOTİT

Ad:  nuk.jpg
Gösterim: 22
Boyut:  24.2 KB

Biyokim. Nükleik asitlerde rastlanan nükleozitlerin monofosfat esterlerinin genel adı.
—ANSİKL. Nükleotitlerin asit karakteri, riboza ya da dezoksiriboza bağlı fosforik asit molekülünden ileri gelir. Ribozdan türeyenler (adenilik asit, guanidilik asit, sitidilik asit ve uridilik asit) ile dezoksiribozdan türeyenler (dezoksiadenilik asit, dezoksisitidilik asit, dezoksiguanidilik asit ve dezoksitimidilik asit) olarak iki çeşidi vardır. Riboz ya da dezoksiribozun 3' konumunda tutulmuş OH grubunun, bir başka nükleotitin 5' konumundaki OP03H2 grubu ile esterleşerek yoğuşması ribo- nükleik ve dezoksiribonükleik asitlere yol açar.
Sponsorlu Bağlantılar

NÜKLEOZİT


Biyokim. ve Org. kim. Bir pürik baz (adenin, guanin) ya da pirimidik baz (sitozin, timin ya da urasil) ile bir pentozun (riboz ya da dezoksiriboz) ozidik birleşmesinden oluşan bileşik. (Pürinli nükleozitlerin adları -ozin, pirimidinlilerinki -idin ile sona erer.)
Son düzenleyen Safi; 15 Haziran 2016 03:38
14 Haziran 2016 22:40   |   Mesaj #2   |   
Safi - avatarı
SMD MiSiM
DNA’nın en küçük yapı birimine nükleotit denir.
Nükleotitler DNA`nın temel yapı birimleridir. Bir nükleotidin yapısında aşağıdaki gibi fosfat, seker ve organik baz bulunur.
50362d1465479120 dna deoksiribo nukleik asit dna1
Organik bazlar adenin (A), timin (T), sitozin (C) ve guanin (G)`dir. Nükleotidler hangi organik bazı içeriyorlarsa o bazın ismiyle adlandırılırlar.
  • Nükleotitin yapısında bulunan şeker 5 karbonlu olup Deoksiriboz şekeridir.
  • Fosfatlar DNA ya asitsi özelliği kazandırırlar.
  • Nükleik asitler iki çeşittir. DNA ve RNA dır.
  • Her bir Nükleik asidin (DNA) yapısındaki 4 çeşit nükleotidin farklı sıra , miktar ve farklı kullanımı sonucu farklı kalıtsal şifrelere sahip nükleik asitler (DNA) oluşur.
50363d1465479311 dna deoksiribo nukleik asit dna2 50364d1465479311 dna deoksiribo nukleik asit dna4
50365d1465479311 dna deoksiribo nukleik asit dna3
Nükleotit, gen, DNA, kromozom, çekirdek, hücre, doku, organ, sistem, canlı..... basitten karmaşığa doğru sıralanışı bu şekilde olmaktadır.

Nükleotitler (fosforik asit, deoksiriboz pürik ya da pirimidik bazlar) DNA'nın temel yapı taşlarıdır. Nükleotitlerin özelliklerini pentozlarının (d-2-deoksiriboz) ve azotlu pürik bazları (adenin ve guanin) ile azotlu pirimidik bazlarının (sitozin ve timin) cinsi belirler; bununla birlikte sitozin, faj'larda ve üstün yapılı bitkilerde 5 konumda metillenmiş olabilir. DNA’larda, komşu nükleotitlerin pentoz molekülleri, dezoksiribonükleaz denen özgül fosfodi- esterazlarla hidrolizlenmiş fosforlu diester bağlarıyla birleştirilmiştir; bu nedenle DNA’lar hidrojen köprüleriyle ikişer ikişer birleşmiş nükleotitlerden oluşan ve aynı eksen çevresinde helis biçiminde kıvrılan uzun polinükleotit zincirleri oluşturur. Birleşik iki zinciri heliste bir arada tutan hidrojen köprüleri, bir nükleotitteki oksijenli bazın, öbür nükleotitteki azotlu bazla eşleşmesinden ya da ona bağlanmasından doğar (adenin-timin ya da guanin-sitozin gibi). Hidrojen bağlarıyla birbirine bağlanan iki polinükleotit zinciri, tıpkı basit organik cisimlerde olduğu gibi, belli bir çözülme sıcaklığında birbirinden ayrılabilir; erime sıcaklığı denen bu sıcaklık her DNA’da başkadır. Çok iyi belirlenmiş koşullarda, çözülerek ayrılmış iki DNA zinciri (ya da parçası) ya da bir DNA parçasıyla bir ribonükleik asit parçası ya da RNA yeniden birleştirilebilir; böylece örneğin, RNA-polimeraz enzimi aracılığıyla bireşimi sağlanan bir RNA ve DNA parça melezi elde edilir. Sarmal zincirlerin iki ucu genellikle açıktır ve bunlar bazen o kadar uzun bir iplik meydana getirirler ki, açıldıklarrnda uzunlukları iki santimetreyi bulur (insan kromozomu DNA’sı); ama DNA’lar özellikle fajlarda ve bakterilerde halka biçiminde kapalı da olabilirler.

DEVAMI DNA (Deoksiribo Nükleik Asit)
14 Haziran 2016 23:02   |   Mesaj #3   |   
Safi - avatarı
SMD MiSiM

Nükleotidlerin bileşenleri


Ad:  nük1.JPG
Gösterim: 22
Boyut:  25.0 KB
Nükleotidler, bir azotlu baz, bir pentoz ve bir fosfat olmak üzere üç karakteristik komponente sahiptirler. Azotlu baz ve pentozun birbirine P-N-glikozit bağıyla bağlanmasıyla nükleozid oluşur, nükleozide fosfatın bağlanmasıyla nükleotid (mononükleotid, nükleozid monofosfat) oluşur:
Ad:  n1.JPG
Gösterim: 22
Boyut:  23.7 KB
Pentoz ile fosforik asidin birbirine bir ester bağı ile bağlanması sonucu oluşan birim de pentid veya ribotid olarak tanımlanır.

Nükleotidlerdeki azotlu bazlar


Nükleotidlerdeki azotlu bazlar, pirimidin bazları ve pürin bazlarıdır:
Ad:  n2.JPG
Gösterim: 20
Boyut:  16.3 KB
Pürin ve pirimidinler heterosiklik bileşiklerdir. Benzen yapısındaki karbon atomlarından ikisinin yerine azot atomlarının geçmesiyle pirimidin halkası oluşmaktadır; pirimidin ve imidazol halkalarının kondense olmalarıyla da pürin halka sistemi meydana gelmektedir.
Sitozin (C ), Timin (T) ve urasil (U), nükleotidlerde bulunan üç önemli pirimidin bazıdır; 5- Metilsitozin ve 5-Hidroksimetilsitozin ise doğada nadiren bulunan pirimidin bazlarıdırla.
Ad:  n3.JPG
Gösterim: 23
Boyut:  29.7 KB
Adenin (A) ve guanin (G), nükleotidlerde bulunan iki önemli pürin bazıdır; hipoksantin ve ksantin ise adenin ve guanin metabolizmasında ara ürünlerdir; insanlar pürin katabolizmasının son ürünü olarak okside bir pürin olan ürik asidi atılıma uğratırlar:
Ad:  n4.JPG
Gösterim: 24
Boyut:  33.7 KB

Kahve, çay ve kakao gibi bitkilerde farmakolojik özellikleri olan metillenmiş pürinler bulunur:
Ad:  n5.JPG
Gösterim: 19
Boyut:  23.2 KB
Serbest pirimidinler ve pürinler, zayıf olarak bazik bileşiklerdir; bu yüzden baz olarak tanımlanırlar. Serbest pirimidin ve pürin bazları, pH’a bağlı olarak iki veya daha fazla tautomerik formda bulunabilirler. Pirimidin ve pürinler, keto-enol tautomeri göstermektedirler:
Ad:  n6.JPG
Gösterim: 18
Boyut:  47.3 KB
Pirimidin bazlarından sitozin, hem DNA’da hem RNA’da bulunduğu halde timin yalnızca DNA’da, urasil yalnızca RNA’da bulunur. Pürin bazlarından adenin ve guanin, hem DNA’da hem RNA’da bulunurlar. DNA’nınyapısında adenin (A), guanin (G), sitozin (C) ve timin (T) yer almakta; RNA ’nın yapısında ise adenin (A), guanin (G), sitozin (C) ve ur asil (U) yer almaktadır.
DNA ve RNA yapısında yer alan pürin ve pirimidin bazları ileri derecede konjuge yapılar oldukları için nükleik asitlerin yapısını, elektron dağılımını ve ışık absorpsiyonunu etkilemektedir. Pirimidinler düzlemsel, pür inler ise düzlemsel yapıya yakın büzülmüş yapı göstermektedirler.

Nükleotidlerdeki pentozlar


Nükleotidlerdeki pentozlar, D-riboz ve 21-deoksi-D-Ribozdur ki her iki pentoz tipi nükleotidlerde P-furanoz formunda bulunurlar:
Ad:  n7.JPG
Gösterim: 19
Boyut:  17.6 KB
DNA’daki nükleotidler 21-deoksi-D-riboz içerir; RNA’daki nükleotidler D-riboz içerirler.

Nükleotidlerdeki fosfat


Nükleositin Fosfatlanması
Nükleotidlerdeki fosfat, fosforik asittir (H3PO4); pentozun 5Z-C atomuna ester bağı ile bağlanır:
Ad:  nük2.JPG
Gösterim: 20
Boyut:  19.9 KB
14 Haziran 2016 23:45   |   Mesaj #4   |   
Safi - avatarı
SMD MiSiM

Nükleozidler


Nükleozidler, aside oldukça dayanıksız bir P-N-glikozit bağı ile pürin veya pirimidine bağlanan (pürinlerde N9 konumunda pirimidinlerde N1 konumunda) bir pentozdan (genelde D-riboz veya 2-deoksi-D-riboz) oluşmuşlardır; içerdikleri azotlu baza göre adlandırılırlar:
Ad:  n8.JPG
Gösterim: 18
Boyut:  39.7 KB
Sponsorlu Bağlantılar
Nükleozidler, pürin ve pirimidin bazlarına bağlı bir pentoz içermektedirler ki beş karbonlu bir monosakkarit olan D-riboz, RNA yapısında yer alır; 2-deoksi-D-riboz ise DNA yapısında yer alır.
Nükleozidlerde N-glikozit bağı etrafındaki rotasyon ile ilgili olarak sin ve anti konformasyonları mümkündür ki doğal olarak bulunan nükleozidlerde anti konformasyonu egemendir:
Ad:  n9.JPG
Gösterim: 17
Boyut:  25.1 KB

Nükleotidler (Mononükleotidler)


Nükleotidler, sadece pentozun hidroksil gruplarının fosforillenmiş olduğu nükleozidlerdir:
Ad:  n10.JPG
Gösterim: 17
Boyut:  45.3 KB

Nükleozidlerin fosfat esterleri olan nükleotidler, yapılarında bulunan nükleozide göre adlandırılırlar:
Ad:  n11.JPG
Gösterim: 17
Boyut:  68.7 KB
Ad:  nük3.JPG
Gösterim: 16
Boyut:  57.4 KB
Ad:  n12.JPG
Gösterim: 17
Boyut:  55.7 KB
Nükleotidler, bir azotlu baz, bir şeker ve şekerin 5-hidroksil grubuna kovalent bağ ile bağlanmış bir veya daha çok sayıda fosfat grubu içerirler. Nükleotidler deki fosfat grupları, şekerden başlamak üzere sırasıyla a, ( ve y olarak adlandırılmaktadır. Nükleotidlerin biyosentez ve enerji dönüşümlerinde kullanılan aktif şekilleri, difosfat ve trifosfat şekilleridir:
Ad:  n13.JPG
Gösterim: 220
Boyut:  80.5 KB
DNA, dAMP, dGMP, dCMP ve dTMP’ın polimeridir; RNA ise AMP, GMP, CMP ve UMP’ın polimeridir. Nükleotidlerin yazılmasında kullanılan d ön takısı, 2'-deoksi-D-ribozu tanımlamaktadır.
Yukarıdaki nükleotid yapılarının istisnaları vardır. Örneğin tRNA ’larda riboz, alışılagelmiş N-C bağından ziyade bazen urasilin 5. atomuna C-C bağı ile bağlanır ki alışılmışın dışındaki bu bileşik psödouridin (yrnridin) ’dir. tRNA ’lar, ek olarak TMP ve y/MP da içerirler. Bazı DNA’larda, adenin, guanin, sitozin, major bazlarının metillenmiş formları olan N6-metil adenin, 5-metil sitozin ve N2-metil guanin de bulunabilir; bazı viral DNA ’larda bazı bazlar hidroksimetillenmiş veya glikozillenmiş olabilir ki DNA moleküllerinde böyle değişmiş veya olağan olmayan bazlar, birçok durumda genetik bilgiyi koruma ve düzenleme için spesifik sinyallerdir. 

Nükleotidlerin fonksiyonları


1) Nükleotidler, nükleik asitlerin alt üniteleridirler.
Pürin ve pirimidin nükleotidleri, DNA ve RNA moleküllerinin monomerik birimleri olarak görev yapmaktadırlar. Hem DNA’da hem RNA’da nükleotidler, fosfat köprüleri vasıtasıyla art arda bağlanmışlardır; özellikle bir nükleotidin 5z-hidroksil grubu sonraki nükleotidin 3z-hidroksil grubuna bir fosfodiester bağı vasıtasıyla bağlanır. Böylece, nükleik asitlerin kovalent iskeleti, birbiri ardına gelen fosfat ve pentoz kalıntılarından oluşur; karakteristik bazlar, iskelete düzenli aralıklarla eklenmiş yan gruplar durumundadırlar:
Ad:  n14.JPG
Gösterim: 15
Boyut:  41.7 KB
Bir nükleotid dizisi, alışkanlık olarak, 5'1 ucu solda 3'1 ucu sağda yani 5'1-->3'1 yönünde gösterilir; 5'1 ucu, 5'1 pozisyonunda bir nükleotidden yoksundur ve 31 ucu, 31 pozisyonunda bir nükleotidden yoksundur:
Ad:  n15.JPG
Gösterim: 17
Boyut:  16.4 KB
Kısa bir nükleotid dizisi oligonükleotid olarak tanımlanır; 50’den fazla nükleotid içeren uzun bir nükleotid dizisi polinükleotid olarak tanımlanır:
Ad:  n16.JPG
Gösterim: 17
Boyut:  39.0 KB
Hem DNA’nın hem RNA’nın nükleotid dizisinden oluşan iskeleti hidrofiliktir; şeker kalıntılarının hidroksil grupları su ile hidrojen bağları oluşturur. Polar iskeletteki fosfat grupları, pH 7’de tamamen iyonize ve negatif yüklüdürler; fosfat gruplarının negatif yükleri, genellikle proteinler, metal iyonları ve poliaminler üzerindeki pozitif yükler ile iyonik etkileşim vasıtasıyla nötralize edilirler. Bir nükleotid dizisinde bütün fosfodiester bağları zincir boyunca aynı yönde bulunurlar ki bu, nükleotid zincirine farklı 51 ve 31 uçları ile spesifik bir polarite verir.

2) Nükleotidler, hücrede kimyasal enerjiyi taşırlar.
Asit anhidrid bağları tarafından mononükleotidin pentozuna bağlanan ilave fosfatlar, adenozin difosfat (ADP) ve adenozin trifosfat (ATP) gibi nükleozid di- ve tri-fosfatları oluştururlar:
Ad:  n17.JPG
Gösterim: 17
Boyut:  36.6 KB
Nükleozid trifosfatlar, biyokimyasal reaksiyonların geniş bir bölümünü yürütmek için kimyasal enerji kaynağı olarak kullanılırlar. ATP ve diğer nükleozid trifosfatların hidrolizi, trifosfat yapısının kimyası nedeniyle enerji veren bir reaksiyondur. Riboz ve a fosfat arasındaki bağ bir ester bağıdır, alfa - betta ve betta - gamma bağları fosforik asit anhidridleridirler:
Ad:  n18.JPG
Gösterim: 16
Boyut:  35.2 KB
Ester bağlarının hidrolizi yaklaşık 14 kJ/mol enerji verdiği halde anhidrid bağlarının her birinin hidrolizi yaklaşık 30 kJ/mol enerji verir. ATP’nin hidrolizi, biyosentezlerde sıklıkla AGoı>0 olanlar gibi daha az elverişli metabolik reaksiyonları yürütür; ATP’nin hidrolizi pozitif standart serbest enerji değişikliğine sahip bir reaksiyona kenetlendiğinde uygun ürün oluşumu için toplam sürecin dengesini değiştirir:
Ad:  n19.JPG
Gösterim: 17
Boyut:  29.1 KB
Uridin trifosfat (UTP), guanozin trifosfat (GTP) ve sitidin trifosfat (CTP) spesifik reaksiyonlarda rol alırlar.
Timidin trifosfat (dTTP) da dahil olmak üzere nükleozid trifosfatlar, DNA ve RNA sentezinin aktiflenmiş prekürsörleri olarak da görev görürler.

3) Nükleotidler, birçok enzim kofaktörlerinin komponentleridirler.
Kimyasal fonksiyonların geniş bir bölümüne yardım eden enzim kofaktörlerinin bir grubu, yapılarının bir parçası olarak adenozin içerir. Bu faktörlerin hiçbirinde adenozin kısmı primer fonksiyona katılmaz; fakat yapıdan adenozinin çıkarılması genellikle aktivitelerinde şiddetli bir azalmaya neden olur. Yapılarında adenozin içeren başlıca koenzimler, koenzim A (CoA), nikotinamid adenin dinükleotid (NAD+ veya NADH) ve flavin adenin dinükleotid (FAD veya FADH2)’dir. Vitamin B12’nin aktif formu 51-deoksiadenozil kobalamin içerir:
Ad:  n20.JPG
Gösterim: 17
Boyut:  62.8 KB
Metil grubu vericisi olarak fonksiyon gören S-adenozil metiyonin (SAM) ve inorganik sülfat taşıyıcısı olarak fonksiyon gören PAPS (3-fosfoadenozin-5-fosfosülfat) da yapısında adenozin içermektedir.

4) Bazı nükleotidler sellüler haberleşmede aracıdırlar.

Hücreler, hormonlardan veya ortamdaki diğer kimyasal sinyallerden işaret alarak çevrelerine cevap verirler. Birinci haberci diye tanımlanan ekstrasellüler uyaranların hücre yüzeyindeki reseptörler ile karşılıklı etkileşimi, hücre içinde ikinci habercilerin üretimine yol açar; ikinci haberci, hücre içinde adaptif değişikliklere yol açar ve böylece hücrenin cevabı oluşur.
En yaygın ikinci habercilerden biri adenozin 3I,5I-siklik monofosfat (siklik AMP, cAMP)’tır. cAMP, plazma membranının iç yüzünde bulunan adenilat siklaz tarafından katalizlenen bir reaksiyonda ATP’den oluşturulur. Guanozin 3I,5I-siklik monofosfat (cGMP) da bir çok hücrede meydana gelir ve düzenleyici fonksiyonlara sahiptir:
Ad:  n21.JPG
Gösterim: 20
Boyut:  34.2 KB
Bunlardan başka, bir pürin analoğu olan allopürinol, gut hastalığının tedavisinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Bazı pirimidin nükleotidleri de UDP-glukoz, UDP-galaktoz ve UDP- glukuronik asit gibi yüksek enerjili ara ürünler şeklinde karbonhidrat metabolizmasında; CDP-açilgliserol ve CDP-kolin şeklinde lipid metabolizmasında görev yapmaktadırlar. Ayrıca, DNA ve RNA sentezini inhibe eden nükleotid, nükleozid ve baz analogları, kanser hücrelerinin vaya bazı virüslerin çoğalmasını önlemek için kullanılmaktadırlar. Doğal nükleotidlerin yapay analogları olan ve kemoterapide kullanılan bazı nükleotidler, enzimleri inhibe etmekte veya nükleik asitlerin yapısındaki nükleotidler ile yer değiştirmekte, böylece kanser hücrelerinin ve bazı virüslerin çoğalmasını engellemektedirler.

Daha fazla sonuç:
mendel kanunları

acebook yorumları
paneli aç